Virome intestinal : un réservoir viral à considérer dans le COVID-19 ?

  • Neurath MF & al.
  • Gut

  • Caroline Guignot
  • Résumé d’articles
L'accès à l'intégralité du contenu de ce site est reservé uniquement aux professionnels de santé disposant d'un compte. L'accès à l'intégralité du contenu de ce site est reservé uniquement aux professionnels de santé disposant d'un compte.

Le microbiote intestinal comporte un certain nombre d’espèces virales, dont une majorité de bactériophages. Il est assez bien décrit que le virome comporte des différences interindividuelles, notamment liées à l’âge, l’origine ethnique mais aussi à l’environnement et au lieu de vie. Sur le plan physiologique, son rôle n’est pas parfaitement élucidé mais il aurait un rôle dans l’équilibre du microbiome et la santé au niveau intestinal.

Connaissances sur les liens entre virome et santé

Il a été décrit que les virus présents au niveau entérique modulent la sévérité des atteintes locales comme la maladie de Crohn, la rectocolite hémorragique, ou le syndrome de l’intestin irritable. Les modifications du virome conduiraient à une altération du bactériome.

D’autres travaux suggèrent également que les virus pourraient jouer un rôle dans la cancérogenèse et la croissance tumorale du cancer colorectal, que ce soit du fait de la présence d’une infection virale des cellules épithéliales, d’une modulation de la composition du bactériome, ou d’une dysbiose locale engendrée par une altération de la diversité en bactériophages.

La présence de certains virus pathogènes pourrait également jouer un rôle dans la physiopathologie de la maladie qu’ils génèrent : ainsi, le tissu lymphoïde digestif, qui est l’un des plus importants de l’organisme, est à ce titre un réservoir important pour le VIH. Cette notion est importante car les cellules T CD4+ et myéloïdes CD13+ infectées jouent un rôle dans la dissémination systémique du virus. 

Réflexions sur le COVID19

Dans le COVID-19, il a été décrit que le virus est présent au niveau gastro-intestinal. Certaines études soulignent l'absence d'une réponse pro-inflammatoire dans le tractus gastro-intestinal des patients infectés malgré la détection locale du SARS-CoV-2. De plus, les patients ayant uniquement des symptômes gastro-intestinaux ont une mortalité réduite par rapport aux autres patients COVID-19. Il est donc possible que le tractus intestinal joue un rôle dans l'atténuation du processus inflammatoire lié au SARS-CoV-2. Par ailleurs, ce dernier pourrait entraîner une dysbiose du virome intestinal, comme l’ont montré des études de métagénomique. Enfin, quelques données suggèrent que la présence de certains virus intestinaux serait associée à la sévérité de la maladie.

La persistance du génome viral dans les selles de patients quelques semaines ou mois après la négativation des tests PCR respiratoires suggèrent une persistance de l’antigène au niveau des cellules épithéliales intestinales. Une étude rapporte par exemple la présence de la protéine de nucléocapside N chez 35% des personnes d’une cohorte infectées plusieurs semaines à plusieurs mois avant l’étude. Il s’agit maintenant de déterminer si cette persistance antigénique joue un rôle dans la persistance de symptômes à long terme ou dans celle de la réponse immunitaire.