Un quart des médicaments non antibiotiques altèreraient le microbiote intestinal

À retenir

Le criblage haut débit conduit sur 1.197 composés, dont 1.079 à usage humain, montre que la croissance d’au moins une des 40 espèces bactériennes représentatives du microbiote intestinal testées est altérée par 78% des 156 antibactériens analysés. Parallèlement, 27% des médicaments non antibiotiques testés avaient un impact sur les espèces représentatives du microbiote, dont 47 autres anti-infectieux (antiviraux, antifongiques, antiparasitaires). Enfin, 203 soit 24% de l'ensemble des médicaments non antibiotiques avaient un impact sur au moins une souche, dont 40 molécules en affectaient au moins 10. Pour 14 d’entre elles, cette activité antibactérienne directe n’avait jamais été décrite.
Parmi les classes thérapeutiques testées, les antimétabolites, les antipsychotiques et les antagonistes des canaux calciques auraient notamment un effet anti-commensal significatif par rapport aux autres molécules.

Pourquoi est-ce important?

Plusieurs publications scientifiques ont récemment évoqué l’impact de certaines molécules sur la composition du microbiote, comme certains antidiabétiques, des IPP ou des AINS. Ce travail conduit par l’organisation internationale EMBL (European Molecular Biology Laboratory), a permis d’étayer ces données.
Cet article met en avant des informations complémentaires suggérant que ces données in vitro sont probablement transposables à la situation in vivo. En effet, les chercheurs estiment que les doses testées (concentration 20 µM) étaient globalement inférieures à celles attendues au niveau intestinal à partir de posologies habituellement utilisées ; il est probable que des chiffres supérieurs soient attendus pour des concentrations intestinales physiologiques. Parallèlement, d’autres espèces commensales n’ayant pu être testées pourraient aussi être impactées par certaines molécules, comme le montrent les courbes de raréfactions établies par les chercheurs.

Certaines classes thérapeutiques largement concernées

Les auteurs ont passé en revue la littérature afin de rapprocher leurs données de celles d'études d'associations métagénomiques propres à des études de cohorte ; malgré les limitations propres à ces travaux, ils ont notamment pu trouver des données corroborant leurs résultats pour les IPP, les antipsychotiques atypiques, l’azathioprine, la venlafaxine, la mésalazine, la progestérone et les œstrogènes.
Les médicaments non antibiotiques ayant un impact sur le microbiote semblaient plus souvent associés à des effets secondaires similaires à ceux rencontrés sous antibiotiques.
Enfin, ils soulignent que le comportement des médicaments non antibiotiques sur le microbiote pourrait favoriser la résistance antibiotique.
In fine, ces données ont trois implications importantes. La première concerne le développement et l’évaluation de nouvelles thérapeutiques, la seconde la problématique des traitements chroniques utilisant des médicaments altérant le microbiote. La dernière concerne l’intégration des co-médications comme facteur confondant dans les études visant à étudier les relations entre microbiote et pathologie.

Méthodologie

Parmi les 1.197 molécules testées, 1.079 avaient un usage humain dont 835 non-antiinfectieux, 156 antibactériens (144 antibiotiques, 12 antiseptiques), 88 autres anti-infectieux (antifongiques, antiviraux ou antiparasitaires).
L’étude a été conduite à partir de 40 isolats intestinaux humains, avec 38 espèces bactériennes et 21 genres ainsi qu'à partir de quatre pathobiontes (C. difficile, C. perfringens, F. nucleatum, B. fragilis).