Un nouvel outil d'analyse génétique ciblant diverses bactéries pourrait aider à développer de meilleurs antibiotiques

  • Peters JM, et coll.
  • Nature Microbiology
  • 7 janv. 2019

  • Par Priscilla Lynch
  • Medical News
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Des chercheurs américains ont adapté l'outil de répression génique CRISPRi (interférence par groupement d'éléments palindromiques et d'espaceurs) pour déterminer les gènes ciblés par des antibiotiques particuliers, apportant ainsi des informations sur la méthode à adopter pour améliorer les antibiotiques existants ou en développer de nouveaux.

Pour que CRISPRi devienne mobile, les chercheurs ont transféré le système utilisé dans des modèles de laboratoire courants tels qu'E. coli à des espèces pathogènes dans une série de systèmes CRISPRi associant modularité, intégration stable dans le génome et facilité de transfert vers diverses bactéries par conjugaison.

Mobile-CRISPRi permet la dissection génétique de bactéries non modèles, facilitant ainsi les analyses de la fonction du microbiome, des résistances et des sensibilités aux antibiotiques ainsi que des criblages complets afin d'identifier les interactions entre l'hôte et les microorganismes.

En pratique, le nouveau système permet aux chercheurs d'identifier comment des antibiotiques particuliers inhibent la prolifération des pathogènes en réduisant la fabrication de protéines à partir des gènes ciblés.

En s'intéressant essentiellement aux pathogènes humains associés à une antibiorésistance, les chercheurs ont démontré l'efficacité de Mobile-CRISPRi contre les gamma-protéobactéries et l'ordre des bacillales, phylum des firmicutes, à l'échelle du gène individuel, par l'examen des synergies médicament/gène, et à l'échelle de la banque, par phénotypage systématique des gènes essentiels sous conditions intervenant dans la biosynthèse des acides aminés.

Les chercheurs prévoient que Mobile-CRISPRi deviendra une technologie de transformation des bactéries non modèles pour lesquelles les outils génétiques font défaut et facilitera l'analyse génétique interspécifique, complétant ainsi la technologie de séquençage des transposons (Tn-seq) existante.

Les résultats sont publiés dans Nature Microbiology.