SARS-CoV-2 : faut-il s’inquiéter de l’arrivée du variant indien ?

Où en est la situation épidémiologique en Inde ?

Depuis quelques semaines, l’Inde fait face à une seconde vague massive de l’épidémie de COVID-19, bien plus importante que la première. La situation apparaît même franchement alarmante dans plusieurs états du fait de la saturation d’un système de soins vétuste dans plusieurs grandes métropoles comme New Delhi et Bombay, la capitale du Maharashtra : manque de lits, de respirateurs, pénurie dramatique d’oxygène (1). Selon le Conseil Scientifique, au 21 avril 2021, l’Inde faisait état de 315.000 nouveaux cas et de 2.000 décès par 24h, avec une estimation probablement sous-évaluée de 185.000 décès depuis le début de l’épidémie. Alors que le pic semble avoir été dépassé à Bombay depuis le 24 avril (2), la flambée épidémique se poursuit dans le reste du pays et la barre des 400.000 cas par 24h a depuis été franchie. L’Inde comptabilise aujourd’hui 3.400 morts par jour selon les chiffres officiels, probablement sous-évalués (3). 

Une reprise de l’épidémie est également observée dans certains pays d’Asie, au Japon probablement liée au variant anglais, mais aussi au Cambodge, en lien avec le non-respect de la quarantaine obligatoire par les voyageurs chinois, ainsi qu’aux Philippines et au Laos. La circulation du virus semble cependant rester sous contrôle dans le reste du continent asiatique.

Pourquoi une deuxième vague aussi violente ?

Les raisons de cette recrudescence de l’épidémie sont multiples. Tout d’abord, elle arrive à l’issue d’une période électorale ayant suscité de nombreux rassemblements avec très peu de mesures barrières mises en place. Par ailleurs, les bains de foule dans le Gange, qui font partie intrinsèque de la culture et des traditions religieuses indiennes, ont été maintenus alors que, pour l’heure, seuls 9% des 1,3 milliards d’habitants sont vaccinés. Enfin, l’apparition du variant anglais (20I/501Y.V1 ou B.1.1.7) doté d’un plus fort pouvoir de transmission et devenu majoritaire dans la plupart des régions du pays, notamment dans le Nord (50% à 80% des virus séquencés à Delhi), a également contribué à cette deuxième vague épidémique. Plusieurs états ont pris des mesures de restriction des déplacements. Un confinement a été mis en place mi-avril à New Delhi et dans plusieurs grandes villes et l’aide internationale, notamment européenne, a été sollicitée.

Que sait-on du variant indien ?

C’est dans ce contexte de circulation virale élevée qu’est apparu le variant indien B.1.617 dans l’état de Maharashtra et particulièrement à Bombay, sa capitale, sans que l’on ait encore pu établir de lien de causalité. Il est par ailleurs peu présent dans l’état de Delhi où l’épidémie est la plus active.

Sur le plan génétique, le variant présente 2 mutations connues dans le domaine de liaison au récepteur de la protéine Spike qui pourraient augmenter sa transmissibilité. Déjà identifiées chez d’autres variants, ces deux mutations se retrouvent pour la première fois associées au sein du même virus.

Quant à la sensibilité à l’immunité naturelle ou vaccinale de ce nouveau variant, il existe encore peu de données. L’une des mutations identifiées pourrait diminuer la sensibilité aux anticorps. L’autre est proche d’une mutation connue pour conférer un échappement partiel aux vaccins. Les premières données dont disposent les autorités indiennes semblent confirmer une sensibilité réduite aux anticorps vaccinaux.

Quid de sa diffusion à l’international ?

Au niveau international, ce nouveau variant est classé comme « variant en investigation », ou comme « variant à suivre » selon l’analyse de risque du 21 avril de Santé Publique France (4), ce qui implique un suivi renforcé avec évaluation des caractéristiques virologiques, cliniques et épidémiologiques au niveau national et international. Pour l’heure, il est présent dans 15% à 20% des échantillons séquencés en Inde, jusqu’à 61% dans l’état de Maharashtra, le variant anglais 20I/501Y.V1 ou B.1.1.7 restant majoritaire dans la plupart des régions et notamment dans le Nord (Delhi) (1,4). Des interrogations demeurent toutefois quant à la représentation de ce nouveau variant sur le sol indien car moins de 1% des échantillons sont séquencés. À l’international, sa présence a déjà été repérée aux États-Unis, au Canada et en Australie. En Europe, il a été détecté en Angleterre, en Écosse, en Belgique et en Allemagne, à chaque fois chez des sujets de retour d’un voyage en Inde. En France, il a été isolé pour la première fois le 29 avril 2021 (5). Des mesures de restriction des vols commerciaux entre l’Europe et L’inde ont été mises en place.