Quel rôle le microbiote intestinal joue-t-il dans l’évolution du COVID-19 ?

Au total, 100 patients adultes COVID-19 ont été recrutés entre février et mai 2020 et des échantillons de selles ont été analysés et comparés à ceux de 78 adultes contrôles (âge moyen 45,5 ans). Au total, les malades avaient une moyenne d’âge de 36,4 ans et présentaient majoritairement une forme légère à modérée (47,0% et 45,0% vs 5,0% et 3,0% de formes sévères et critiques).

Composition du microbiote et sévérité de la maladie

Le principal phyla bactérien, Bacteroides, était plus abondant chez les sujets COVID-19 que les sujets contrôles (23,9 vs 12,8 %, p<0,001) tandis que Actinobacteria présentait la tendance inverse (19,0 vs 26,1%, p<0,05). De même, l’abondance de certaines espèces était associée à la sévérité de la maladie et à la prise d’antibiotiques, sans qu’elle ne soit corrélée avec la charge virale SARS-CoV-2 dans les selles ou à la prise d’antiviraux ou d’inhibiteurs de la pompe à protons. Parmi les patients hospitalisés, la composition du microbiote était plus fortement associée à la sévérité de la maladie qu’à la prise d’antibiotiques. Par ailleurs, la présence de F. prausnitzii et Bifidobacterium bifidum était inversement associée à la sévérité de la maladie, une fois les données ajustées sur la prise d'antibiotiques et l'âge.

Les liens de causalité ou de causalité inverse entre les modifications du microbiote et la sévérité de la maladie d’une part, et l’influence de la prise en charge hospitalière sur la composition du microbiote d’autre part restent à établir précisément.

Composition du microbiote, réponse immunitaire et séquelles

Dans un second temps, les chercheurs ont souhaité évaluer s’il existait un lien entre les disparités de composition du microbiote et les principaux médiateurs immunitaires.

Ils ont décrit que la composition du microbiote intestinal est associée à l’intensité de la réponse immunitaire et à la sévérité de la maladie : en particulier, certaines espèces connues pour jouer un rôle immunomodulateur au niveau digestif étaient négativement associées aux taux de CXCL10, d'IL-10 ou de TNF-α, dont B. adolescentis, E. rectale et F. prausnitzii. À l’inverse, deux espèces (B. dorei et Akkermansia muciniphila) étaient d’autant plus abondantes que les taux d'IL-1β, l'IL-6 et CXCL8 étaient élevés.

Enfin, cette étude suggère que les modifications du microbiote intestinal persistent après la fin des symptômes, que les patients aient reçu ou non des antibiotiques durant la phase symptomatique. Elles pourraient être impliquées dans certains symptômes de COVID-19 long, même si le suivi court de 3 mois assuré auprès de cette cohorte ne permet pas de le confirmer.