Quand le microbiote prédit la réponse vaccinale

Les bactéries commensales qui colonisent les muqueuses de la peau ou du tube digestif jouent un rôle essentiel dans le développement de la réponse immunitaire innée comme adaptative. Plusieurs publications ont mis en évidence l’importance de bactéries intestinales pour obtenir une bonne réponse vaccinale (grippe, polio) et inversement, un microbiote altéré a été associé à une moindre réponse immunitaire au vaccin. Par ailleurs, le rôle du microbiote dans la maturation des lymphocytes B et la production d’IgA est aujourd’hui bien établi. Mais jusqu’ici, peu d’études se sont intéressées au lien pouvant exister entre l’état immunologique initial des patients et leur microbiote d’une part, et leur réponse à la vaccination d’autre part, de façon à identifier des biomarqueurs individuels prédictifs de la réponse vaccinale.

Méthodologie

Cet essai contrôlé randomisé a analysé la richesse et la diversité du microbiote présent dans les selles et des prélèvements cutanés par séquençage de l’ARN ribosomal 16S, ainsi que le transcriptome sanguin avant vaccination avec le vaccin anti-VIH-MVA-B, ce dernier reflétant le niveau de différentiation des lymphocytes B en lien avec le microbiote. L’objectif des chercheurs était de rechercher des associations entre ces différents paramètres avant vaccination (semaine -2 et semaine 0) et la production d’IgG neutralisants anti-VIH-MVA-B après (8 semaines).

Résultats

• L’étude a inclus 5 hommes et 5 femmes participant à l’étude évaluant l’efficacité et la sécurité du vaccin anti-VIH MVA-B.
• Le taux d’anticorps neutralisants spécifiques a pu être corrélé à l’abondance d’Eubacterium dans les selles (r=0,68, p=0,0351) et à celle de Prevotella sur la peau (r=0,76, p=0,0159).
• Selon l’analyse de cluster, le nombre de gènes exprimés avant vaccination ne différait pas entre la semaine -2 et 0. Parmi les gènes exprimés à l’inclusion, 154 ont pu être corrélés de façon significative avec la production d’anticorps neutralisants spécifiques (r<-0,6 ou r>0,6, p<0,05) post-vaccination.
• Et parmi ces 154 gènes, 22 et 19 ont pu être corrélés positivement ou négativement avec l’index de diversité du microbiote cutané et intestinal respectivement, dont 10 communs aux deux sources d’échantillons et 3 impliqués dans la reconnaissance des antigènes, la prolifération et la différenciation des lymphocytes B, et dans la transcription des éléments de signalisation des lymphocytes B et de leurs récepteurs. Ces trois gènes ont eux-mêmes pu être corrélés négativement avec l’abondance d’Eubacterium dans les selles et de Prevotella sur la peau.
• La prise en compte de ces trois gènes et de l’abondance des genres Eubacterium et Prevotella dans les prélèvements de selles et cutanés permettait de prédire, à 89,58% et 85,42% respectivement, une forte production post-vaccinale d’anticorps neutralisants spécifiques.

Limites

Faible nombre de patients inclus.