Plonger au cœur du microbiote pour comprendre certains effets du SARS-CoV-2

L’équilibre du microbiote au cœur du sujet

Plusieurs espèces bactériennes du microbiote participent à la synthèse de la couche de mucine qui a un effet barrière contre les agents pathogènes. La modification de la composition du microbiote peut altérer cette barrière. La contribution du microbiote à la défense contre les pathogènes passe également par la régulation de peptides antimicrobiens intestinaux (grâce à des défensines, cathélicidines, lectines de type C, …) qui inactivent ou tuent les agents pathogènes. Le microbiote participe également à la régulation de l’immunoglobuline A (IgA), l’anticorps le plus présent à la surface des muqueuses et qui a des fonctions spécifiques contre les agents pathogènes et les toxines. L’efficacité de ces systèmes de défense dépend donc de l’homéostasie du microbiote intestinal.

Microbiote et COVID-19

Malgré de nombreuses études, la physiopathologie moléculaire de la COVID-19 n’est pas encore totalement comprise. Certes, plusieurs facteurs de risque sont bien établis (notamment l’âge avancé ainsi que les maladies métaboliques et cardiovasculaires). Mais quelles sont les raisons de la variation de la sensibilité à l’infection entre les individus ? On sait aujourd’hui que les lésions organiques causées par le SARS-CoV-2 peuvent être directes, lorsqu’elles sont liées à la pénétration endocellulaire du virus, médiée par l’ACE-2, ou indirectes lorsqu’elles sont consécutives à l’induction d’une tempête cytokinique conduisant à un état inflammatoire multisystémique.

Par ailleurs, la persistance de symptômes respiratoires après une infection COVID-19 a été associée à la présence des pathogènes intestinaux opportunistes. Et la mise en exergue récente d’un axe intestin-poumon contribue à renforcer l’hypothèse du rôle du microbiote dans la pathogenèse de la COVID-19.

Autre constat, dans les formes sévères de COVID-19, les chercheurs ont observé une réduction de la production d’acides gras à chaîne courte (AGCC), en particulier du butyrate. Or, ce butyrate qui est produit par certaines espèces bactériennes du microbiote sain a un rôle bénéfique pour le maintien de l’homéostasie immunitaire, la défense antimicrobienne et la lutte contre l’inflammation. Cet élément renforce la présomption de l’implication du microbiote dans la physiopathologie.

Des travaux ont montré que la dysbiose intestinale persistait après la résolution de l’infection par SARS-CoV-2. Et d’autres suggèrent que l’atteinte plus fréquente des personnes âgées, pourrait être en lien avec l’altération du microbiote avec l’avancée en âge. Enfin, l’utilisation massive d’antibiotiques en particulier en début de pandémie peut avoir favoriser les dysbioses intestinales également.

Quelles sont les perspectives de ces travaux ?

Plusieurs perspectives sont évoquées par les auteurs de cette publication, notamment le fait que les individus les plus à risque pourraient être identifiés via leur microbiote. Le fait également que la restauration de l’eubiose intestinale – par la prise de probiotiques, prébiotiques ou bactériophages - pourrait faciliter la disparition des symptômes de COVID-long en ayant un rôle complémentaire par l’inhibition des cytokines inflammatoires. Il faut noter cependant, qu’aucune de ces hypothèses n’est totalement prouvée à ce jour.