Omicron BA.2 : points essentiels à retenir

Plus transmissible, mais des atteintes moins sévères

Des études non revues par des pairs (1) ont montré que la réplication d'Omicron dans les cellules épithéliales pulmonaires était moins efficace que celle constatée avec les variants Delta et Whuan-Hu-1. Le nombre de copies virales provenant de l'infection des cellules épithéliales pulmonaires par Omicron est significativement inférieur à celui des infections par les variants Delta et Whuan-Hu-1. L'association de ces caractéristiques avec la constatation d'une augmentation du nombre de copies virales dans les cellules épithéliales des voies respiratoires nasales humaines infectées par Omicron permet de comprendre sa transmissibilité accrue associée à une réduction de la gravité de la maladie.

En ce qui concerne l'expression phénotypique de l'infection, l'attention s'est portée sur la capacité réduite d'Omicron à induire des syncytia dans les cultures de tissus pulmonaires (2), ce qui est pertinent pour sa signification clinique étant donné que la formation de syncytia est associée à une gravité accrue de la maladie. 

L'Omicron a cependant la capacité d’entrer dans les cellules par différentes voies (1,2), avec une préférence pour la fusion endosomale par rapport à la fusion à la surface des cellules, une caractéristique qui permet à Omicron d'augmenter considérablement le types de cellules qu'il peut infecter.

L'évolution de BA.1 vers BA.2

Entre novembre et décembre 2021, Omicron a évolué dans le sens de ce qui avait été observé avec les variants précédents, à savoir une augmentation graduelle et progressive de la transmissibilité. Les premières études sur le variant Omicron étaient principalement basées sur la sous-lignée BA.1. À partir de début janvier 2022, on a constaté une augmentation soudaine de la sous-lignée BA.2 en Europe et en Asie. Depuis lors, la surveillance continue de l'évolution d'Omicron a révélé la prévalence accrue de deux sous-lignées, BA.1 avec une mutation R346K (BA.1+R346K) et B.1.1.529.2 (BA.2), cette dernière contenant 8 mutations spécifiques sur la protéine de pointe et 13 mutations précédemment identifiées sur BA.1 sur la protéine de pointe étaient manquantes (3).

Compte tenu de ces différences, on ne peut pas supposer que leurs propriétés antigéniques soient identiques ou similaires, mais ils semblent être antigéniquement équidistant du type sauvage du SRAS-CoV-2, ce qui pourrait impacter l'efficacité des vaccins actuels COVID-19 dans une mesure similaire. Par ailleurs, le BA.2 présente une résistance marquée à 17 des 19 anticorps monoclonaux neutralisants testés dans cette étude (3), ce qui montre que le traitement actuel par anticorps monoclonaux pourrait avoir des limites importantes pour lutter de manière adéquate contre toutes les sous-lignées de la variante Omicron.

Omicron BA.2 et réinfections

Le BA.2 ne représentait initialement que 13% des séquences Omicron dans le monde, mais il est rapidement devenu la forme dominante dans des pays comme le Danemark. À la fin de 2021, le BA.2 représentait environ 20% de tous les cas danois de SRAS-CoV-2 ; à la mi-janvier 2022, ce pourcentage était passé à environ 45% (4). Des données confirment la réduction de l'effet protecteur de la vaccination contre l'infection à BA.2, mais pas l’augmentation de sa transmissibilité à partir d'individus vaccinés (4).

Omicron, BA.2 et le vaccin

La compréhension de l'activité neutralisante en relation avec l'efficacité des vaccins est une priorité de recherche en raison de l’importance croissante du BA.2. Il existe des preuves montrant que l'échappement immunitaire du BA.2 pourrait ne pas être aussi important que celui observé avec le BA.1 et il est possible que d'autres facteurs viraux ou liés à l'hôte soient à l'origine de la propagation rapide du BA.2 (5). Une étude publiée dans Science Immunology (6) a examiné les réponses immunitaires humorales et cellulaires à Omicron et à d'autres variants préoccupants en essayant de comprendre comment et dans quelle mesure les personnes vaccinées sont protégées contre Omicron. Les résultats ont montré une neutralisation croisée des anticorps d'Omicron contre les variants Wild Type, Beta et Delta très faible, voire nulle. En outre, les lymphocytes T ont reconnu Omicron aussi efficacement que d'autres variants préoccupants, ce qui suggère que les personnes vaccinées conservent une immunité lymphocytaire T, qui peut assurer une protection en l'absence d'anticorps neutralisants, limitant ainsi la maladie grave (6).

Ces résultats sont cohérents avec ceux disponibles dans l'étude d'une population quatar de 2.239.193 personnes ayant reçu au moins deux doses de vaccin BNT162b2 ou mRNA-1273 (7). L'efficacité du rappel contre l'infection symptomatique par Omicron, comparée à celle de la série primaire, était de 49,4% (IC 95 %, 47,1 à 51,6). L'efficacité du rappel contre les hospitalisations et les décès dus à l'infection à Omicron, par rapport à la série primaire, était de 76,5% [55,9 à 87,5]. L'efficacité du rappel BNT162b2 contre l'infection symptomatique de la variante delta (ou B.1.617.2), par rapport à la série primaire, était de 86,1% [67,3 à 94,1]. 

En résumé, l'augmentation constante de la prévalence du BA.2 dans de nombreux pays à travers le monde confirme que les spécificités de ce variant contribuent à sa propagation rapide. BA.2 réduit l'effet protecteur de la vaccination contre l'infection (4). La neutralisation croisée des anticorps d'Omicron peut être partiellement rétablie par une troisième vaccination de rappel (6), ce qui devient problématique dans les contextes de faible taux de vaccination, où les pics d'Omicron pourraient augmenter la probabilité d'infection chez les personnes âgées et les autres groupes à haut risque de maladie grave. 

Cet article a été écrit par Paolo Spriano, initialement publié sur Univadis Italie et traduit par Nathalie Barrès.