Maintenir et généraliser la détection du SARS-CoV-2 dans les eaux usées : une mesure urgente selon l’Académie de médecine

Pourquoi est-ce important ?

Le SARS-CoV-2 se multiplie dans les entérocytes et 30 à 50% des porteurs asymptomatiques éliminent momentanément le virus dans leurs selles. Ainsi, le réseau Obépine a été le premier à établir une corrélation entre la quantité d’acides nucléiques de ce virus détectée dans les eaux usées et la courbe d’incidence des cas de COVID-19. C’est un signal très spécifique qui a l’avantage majeur de précéder la détection des premiers cas symptomatiques de la maladie par les systèmes de santé : l’augmentation du SARS-CoV-2 dans les eaux usées devance le début de la vague, accompagne son ascension et diminue avec sa régression. C’est donc un indicateur très précieux pour anticiper toute résurgence épidémique.

Cette surveillance couvre actuellement un tiers de la population et permet, à faible coût, de suivre l’évolution du virus en mettant en réseau différents sites de prélèvement desservant une ville, un quartier, ou des ensembles homogènes de bâtiments.

Pourquoi ce système de surveillance est menacé ?

Conformément aux recommandations de la Commission Européenne, le projet Obépine devait être relayé le 1^er octobre 2021 par la mise en place d’un nouveau dispositif de surveillance microbiologique dans les eaux usées (SUM’EAU) piloté par la Direction générale de la santé et la Direction de l’eau et de la biodiversité, dans le but d’agréger les réseaux existants. Cependant, ce transfert a été reporté sine die, ce qui menace le fonctionnement de ce système de surveillance alors même qu’il est particulièrement utile dans les périodes de reflux épidémique comme celle que nous vivons, afin de pressentir la survenue d’un éventuel rebond épidémique.

Que propose l’Académie de médecine ?

Face à cette situation, l’Académie nationale de médecine recommande de :

• Maintenir le financement opérationnel du réseau Obépine jusqu’à la prise en charge effective de ses fonctions par SUM’EAU ;
• Étendre la couverture de ce réseau par un maillage renforcé du territoire national, métropolitain et ultra-marin ;
• Fournir les moyens techniques, humains et financiers pour intensifier cette surveillance pendant la période de faible transmission du SARS-CoV-2 afin d’être en mesure de détecter au plus tôt tout foyer de reprise épidémique ;
• Coupler systématiquement les tests RT-PCR avec des séquençages afin d’identifier d’éventuels nouveaux variants ;
• Constituer des banques de prélèvements pour d’éventuelles analyses rétrospectives ;
• Prévoir d’étendre cette surveillance à d’autres agents infectieux épidémiques comme les virus de la grippe, les rotavirus ou le virus respiratoire syncytial.