Le microbiote intestinal pourrait être impliqué dans les calculs rénaux…

Pourquoi est-ce important ?

La néphrolithiase est une maladie chronique caractérisée par des récidives de calculs rénaux constitués d’oxalate de calcium le plus souvent. Il est admis qu’une hydratation insuffisante et une consommation trop importante de sel et de protéines animales favorisent le développement des calculs rénaux. Des données in vitro ont montré que Oxalobacter formigenes pouvait dégrader l’oxalate, et celui-ci est moins présent dans les fèces des sujets souffrant de calculs rénaux que chez des sujets témoins. Cependant, l'administration d’une supplémentation en probiotiques ayant des propriétés de dégradation de l’oxalate, n’influence pas l’excrétion d’oxalate. D’autres bactéries peuvent cependant favoriser la dégradation de l’oxalate et leur rôle dans la physiopathologie des calculs rénaux n’est pas clairement défini, d’où l’intérêt de cette étude.

Principaux résultats

La biodiversité microbienne fécale s’est révélée moindre chez les sujets souffrant de calculs rénaux que chez les sujets contrôle (p=0,02). Les analyses multivariées ont montré que trois taxons étaient en particulier moins représentés (Faecalibacterium, Enterobacter, Dorea). En revanche, la représentation d’Oxalobacter n’était pas différente entre les deux groupes. Les échantillons fécaux des sujets souffrant de calculs rénaux présentaient significativement moins de gènes de bactéries impliquées dans la dégradation de l’oxalate (p=0,002) ; et les gènes de dégradation de l’oxalate présents dans plusieurs espèces de bactéries étaient inversement corrélés à l’oxaliurie (p=0,02).

Méthodologie

Cette étude cas-témoins a analysé les échantillons fécaux de 52 sujets souffrant de calculs rénaux et de 48 cas contrôles. La composition du microbiote a été analysée par ARN16S. Dix échantillons (5 de chaque groupe) ont également fait l’objet d’une analyse métagénomique. Les habitudes alimentaires des individus ont été recueillies à travers un questionnaire de fréquence alimentaire et les facteurs prolithogéniques et antilithogéniques, incluant le calcium et l’oxalate ont été mesurés sur la base d’une excrétion urinaire sur 24 heures, afin d’être comparés entre sujets souffrant de calculs rénaux et sujets témoins.

Principales limitations

Faible nombre d’échantillons, absence de données concernant l’exposition aux antibiotiques, aux traitements chroniques et concernant un éventuel déficit en vitamine D constituent les principales limitations de cette étude.