L’analyse du génome entier améliore le travail d’investigation lors des épidémies de tuberculose

  • Genestet C & al.
  • Emerging Infect Dis
  • 1 mars 2019

  • Par Caroline Guignot
  • Résumé d’articles
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Courant 2017, 3 cas de tuberculose de la lignée Beijing SIT1 ont été simultanément diagnostiqués dans une même ville de la région Auvergne-Rhône-Alpes. Deux étaient issus de la même famille et le troisième avait des échanges fréquents avec eux. Afin de mieux comprendre la dynamique de cette épidémie, les investigations conventionnelles (enquête auprès des personnes des premier et deuxième cercles, génotypage) ont été menées et complétées par le séquençage du génome entier des bacilles issus des personnes diagnostiquées.

Une traçabilité plus précise 

Ce travail a permis d’identifier en premier lieu 5 nouveaux cas dans la même ville puis 3 cas survenus dans 3 autres régions françaises (Ile-de-France, Hauts-de-France, Provence-Alpes-Côte-d’Azur) qui appartenaient tous à la même chaîne de transmission issue du même cas index. En effet, les études de génome entier ont montré un faible nombre de polymorphisme nucléotidique (SNP) différents, confirmant les liens avec le cas index. Le degré de relation entre tous les sujets mettait en évidence des contacts fréquents pour 9 d’entre eux, et des contacts occasionnels pour les 5 restants. Pour cinq des cas, les relations n’avaient pas été tracées autrement que par analyse génomique.

Aussi, le spoligotypage (méthode de typage moléculaire basée sur le polymorphisme de certaines séquences nucléotidiques spécifiques de M. tuberculosis ) qui permet de suivre l es épidémies de tuberculose, présente des limites : il permet d’écarter les cas sans relation en cas de génotype différent, mais il ne suffit pas à établir avec certitude le lien entre deux cas de même génotype, ce qui rend les investigations complexes. Par ailleurs, les sujets infectés peuvent être réticents ou négligents à fournir des informations concernant les cercles de relation potentiellement à risque. Le séquençage du génome entier des bacilles constitue le moyen d’améliorer ces investigations car elles offrent la possibilité de détecter des évolutions minimes dans une lignée survenant lors de la transmission du bacille. Cette méthode a été implémentée par le laboratoire des Hospices Civils de Lyon en 2016 et a permis de mener cette étude.