JFN 2021 – Microbiote : vers une médecine de plus en plus personnalisée

Plusieurs pistes pour moduler le microbiote intestinal 

La modulation du microbiote intestinal peut se réaliser par l’alimentation (riche en fibres, fruits et légumes) ou par la prise de pré/probiotiques. Selon la définition de l’Organisation Mondiale de la Santé, « les probiotiques sont des micro-organismes vivants qui, lorsqu’ils sont ingérés en quantité suffisante, exercent des effets positifs sur la santé, au-delà des effets nutritionnels traditionnels. » 

À ce jour, seulement quelques probiotiques – dits probiotiques conventionnels – ont fait l’objet d’études cliniques contrôlées et randomisées et ont démontré des effets positifs chez l’être humain. Il s’agit notamment d’un médicament à base de Saccharomyces boulardii (Ultra-Levure®), de quelques compléments alimentaires à base de Bifidobacterium infantis, Lactobacillus rhamnosus, Eschericia coli nissle, Bifidobacterium, Lactobacillus et Streptococcus, et d’un aliment (Activia®) à base de Lactobacillus bulgaricus, Streptococcus thermophilus, Bifidobacterium animalis lactis.

En dehors des probiotiques conventionnels, le microbiote intestinal peut également être modulé grâce :

• Aux probiotiques de nouvelle génération - qui sont des bactéries qui proviennent du microbiote intestinal humain et qui ont été sélectionnées sur leurs effets biologiques ;
• À la transplantation du microbiote fécal (TMF), qui consiste à transférer le microbiote d’un sujet sain chez un patient afin de restaurer la composition et la fonction du microbiote. Contrairement à ce que l’on pourrait croire, la TMF existe depuis le 4^ème siècle ! À ce jour, elle n’a l’indication que dans l’infection récidivante à C. difficile, avec un taux moyen de guérison de 84%, sans que l’on ne connaisse le mécanisme d’action exact. La TMF bénéficie d’une large mobilisation au niveau de la recherche clinique, puisqu’entre juin 2019 et juin 2021, le nombre d’essais toutes indications confondues a doublé pour atteindre 316.
• Une autre piste de recherche s’appuie sur la métabolomique et la protéomique. En effet, il est connu que le microbiote intestinal participe à la fabrication de trois types de métabolites : des acides gras secondaires à partir d’acides biliaires primaires, des métabolites du tryptophane et des acides gras à chaîne courte. Tous interviennent sur l’homéostasie intestinale et l’immunité. Dans l’essai IMPACT-Crohn, 18 métabolites ont été corrélés avec les marqueurs biologiques de la maladie, certains de manière négative et d’autres de manière positive. Sur modèle animal, l’administration des métabolites corrélés positivement à la maladie a favorisé l’activité de celle-ci et la perte de poids par rapport aux témoins. En revanche, l’administration des métabolites corrélés négativement a engendré une moindre activité de la maladie et une perte de poids moins importante.

La notion de « supers donneurs » est avancée. Elle fait référence à des individus qui auraient un microbiote ayant une forte diversité et qui contiendrait des micro-organismes (pas forcément que des bactéries) produisant des métabolites spécifiques.

Cette notion de supers donneurs dans le cadre de la TMF est retrouvée dans des essais menés dans l’obésité ou le syndrome de l’intestin irritable.  

Aujourd’hui, la TMF est utilisée comme un outil de découverte thérapeutique et mécanistique en s’appuyant sur le séquençage, la bio-informatique, la métabolomique/protéomique, la culture de microbiote, l’isolement de souches microbiennes. Ces techniques permettront peut-être de mettre en évidence des probiotiques de nouvelles générations.