Infections respiratoires basses en soins primaires : les virus en première ligne

  • Ieven M & al.
  • Clin Microbiol Infect
  • 12 févr. 2018

  • de Caroline Guignot
  • Lecture critique
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À retenir

  • Chez plus de 3.000 sujets consultant leur médecin généraliste pour une infection respiratoire basse, seuls 21% présentaient un pathogène bactérien, tandis que près de 50% présentaient un virus respiratoire. La comparaison des prélèvements sanguins, nasopharyngés et de crachats réalisés chez ces patients, à ceux conduits chez des sujets contrôles appariés, montre que, parmi tous les pathogènes isolés, certains virus semblent plus particulièrement incriminés : rhinovirus, virus de la grippe A ou B, coronavirus, virus respiratoire syncytial, virus para-influenza.
  • Les auteurs soulignent que le virus grippal, le virus para-influenza et le virus respiratoire syncytial sont rarement identifiés chez les sujets témoins ou à l’issue du suivi, signant leur probable responsabilité dans la pathogénie de ces infections et que les mêmes observations, concernant les rhinovirus, métapneumovirus, VHR, HMPV et coronarovirus suggère un portage asymptomatique rare chez l’adulte sain, et leur possible rôle dans la survenue de la pneumonie aiguë communautaire (PAC).

Pourquoi est-ce important ?

  • Les infections respiratoires basses de l’adulte constituent un motif fréquent de consultation en soins primaires et de prescription d’antibiothérapie probabiliste. Étant donné les coûts et le risque d’antibiorésistance, la meilleure connaissance des bactéries et des virus les plus fréquemment associés à ces infections respiratoires pourrait permettre d’optimiser la prescription antibiotique.
  • Première étude cas-contrôle prospective européenne de cette envergure, ce travail permet de préciser l'étiologie des infections respiratoires basses et des PAC reçues en consultation de soins primaires. Il illustre la nécessité d’une approche précautionneuse concernant la prescription antibiotique.

Principaux résultats

  • Au total, l’étude a pu inclure 3.104 patients, dont 141 (4.5%) avaient une PAC, qui ont été appariés à 2.985 sujets contrôles (âge moyen : 49,8 ans, 60,0% de femmes).
  • À J1, un pathogène bactérien a été retrouvé chez 21,1% des patients souffrant d’une infection respiratoire basse, et plus souvent chez les sujets ayant une PAC par rapport aux autres (29,8 vs 20,7%, p=0,010). Les espèces les plus fréquemment isolées étaient Streptococcus  pneumoniae (5,5%, mais dont 9,2% pour les seuls patients PAC), H. influenzae (5,4%, mais 14,2% chez les seuls patients PAC). Au total, 12,6% des souches d’H. influenzae étaient productrices de β-lactamase, et moins de 1% des S. pneumoniae étaient résistants.
  • A J1, un pathogène viral a été retrouvé chez 48,1% des patients souffrant d’une infection respiratoire basse, et moins souvent chez les sujets ayant une PAC par rapport aux autres (36,7% vs 48,78%, p=0,010). Les pathogènes viraux les plus fréquemment identifiés étaient les rhinovirus (20,1%), les virus grippaux (9,9%) et le coronavirus humain (7,4%).
  • Les rhinovirus étaient identifiés chez 20,1% des sujets souffrant d’une infection respiratoire basse à J1 mais n’étaient présents que chez 4,2% d’entre eux à J28-35 et 3,5% chez les sujets contrôles (p<0,0001 pour les deux). Ces chiffres étaient respectivement de 9,9% puis 0,4% versus 0,3% pour les virus de la grippe (p<0,0001), de 7,4% et 2,7 contre 1,4% pour les coronavirus (p<0,0001), de 4,6% puis 0,5% versus 0,5% pour le virus respiratoire syncytial (p<0,0001), de 4,4% puis 0,3% versus 0,1% pour les métapneumovirus (p<0,0001) et de 2,6% puis 0,5% versus 0,3% pour les virus parainfluenza (p<0,0001),

Méthodologie

  • L’étude (consortium GRACE) a été conduite entre 2007 et 2010 dans 16 réseaux de soins primaires issus de 11 pays européens (Belgique, Espagne, Pologne, Slovaquie, Royaume-Uni, Slovénie, Suède, Italie, France, Allemagne, Pays-Bas) et a inclus des sujets de 18 ans ou plus, présentant une toux aiguë de moins de 28 jours considérée comme liée à une infection respiratoire basse communautaire par le médecin généraliste. Chacun des sujets inclus était apparié à un sujet contrôle appartenant à la même classe d’âge (+/- 5 ans) et ayant le même sexe, et qui se présentait en consultation pour un autre motif.
  • Les échantillons prélevés étaient analysés par mise en culture et par PCR.

Financement

L’étude GRACE a reçu un financement FP6 de l’Union Européenne.