Un article de la revue Gut revient sur les éléments de preuves actuels concernant l’impact des inhibiteurs de la pompe à proton (IPP) sur les modifications de la composition du microbiote.
- Si les IPP constituent l’une des classes thérapeutiques les plus utilisées au niveau mondial, les auteurs de cet article mentionnent que leur utilisation chronique ne s’appuie pas toujours sur une indication thérapeutique claire.
- Or, les IPP altèrent le pH gastro-intestinal, et retardent la vidange gastrique ce qui peut directement affecter le microbiote intestinal et la survie des agents pathogènes entériques.
- Une étude de cohorte a montré, à partir de 211 utilisateurs d’IPP et 1.604 non utilisateurs, une diminution significative de la diversité et une modification de 20% des groupes bactériens chez les utilisateurs d’IPP par rapport aux non utilisateurs. Une diminution significative de la diversité et une altération de la composition bactérienne a également été démontrée sur la base de 1.827 jumeaux sains. Ces deux études ont mis en évidence une plus forte proportion d’agents commensaux oraux (dont Strepcoccoccus) chez les utilisateurs d’IPP. Si ces études ont tenu compte de certains facteurs potentiels de confusion, la variabilité entre les sujets a cependant pu impacter les résultats.
- Une étude prospective a évalué l’impact de la prise d’IPP sur la composition du microbiote chez des adultes américains, âgés de 60 ans et plus, et en bonne santé. Un échantillon de selles des participants était recueilli à l’inclusion, et après un traitement par omeprazole 20 mg durant 14 jours. Les séquences V4 de l’ARN 16s ont été amplifiées et séquencées. Au total, 24 sujets ont complété l’étude (âge moyen 71,4 ans, 62,5% de femmes). La diversité bactérienne (mesurée par matrice OTU-Operational taxonomic units) était similiaire avant traitement par IPP et après (p=0,32). Par ailleurs l’indice de diversité de Shannon (indice qui reflète le nombre et l’abondance des espèces) n’était pas statistiquement différent avant et après IPP (p=0,28). Les échantillons prélevés avant le traitement par IPP étaient cependant relativement plus chargés en certains phyla (actinobactéries) et en certaines familles de bactéries (Lachnospiraceae, Erysipelotrichaceae et Bifidobacteriaceae). Les échantillons prélevés après traitement par IPP comprenaient notamment une surabondance en Streptococcus par rapport aux prélèvements pré-traitement par IPP.
- Cette surabondance en Streptococcus et la plus faible proportion en Lachnospiraceae, Erysipelotrichaceae chez les utilisateurs d’IPP par rapport aux non utilisateurs a été confirmée dans d’autres études.
- En revanche la surabondance en Bifidobacteriaceae n’a pas été retrouvée dans toutes les études. Mais, la diminution en Bifidobacterium a été associée aux infections à Clostridium difficile, alors qu’une supplémentation en Bifidobacterium a été associée à une réduction du risque de développer ce type d’infection. L’augmentation significative en Streptococcus est également retrouvée en cas d’infection à Clostridium difficile, alors que les Lachnospiraceae sont réduits par rapport à des sujets sains.
À retenir
Alors que les études évaluant les variations du microbiote intestinal chez les utilisateurs d’IPP par rapport aux non-utilisateurs sont parfois contradictoires, une méta-analyse publiée en 2012 et portant sur 42 études a montré que l’utilisation d’IPP était associée à une augmentation du risque de primo-infection à Clostridium difficile et au risque de récidive. Ce qui a incité la FAD à établir une alerte concernant cette association. La variation du microbiote intestinal pourrait en effet expliquer cette association. Les auteurs soulignent la nécessité de limiter l’utilisation inappropriée des IPP.
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