IDW : Le poids des gastroentérites aiguës virales

  • Dr Muriel Macé

  • JIM Actualités des congrès
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Les gastroentérites aiguës (GEA) virales sont habituellement bénignes, mais peuvent également engendrer des complications graves. Très contagieuses, elles mobilisent des ressources, médicales et financières importantes, au point que la maitrise de leur propagation devient un véritable enjeu en termes de santé publique.
Afin d'évaluer le poids des GEA virales dans la population adulte, une étude cas-contrôle multi-site a été mise en place en 2016 dans 4 hôpitaux de vétérans américains (Atlanta, Bronx, Houston et Los Angeles) recevant annuellement plus de 320 000 patients (1). Les malades étaient appariés à des sujets contrôles sur des critères d'âge et de sexe. Les échantillons de selles étaient soumis à un panel de virus gastro-intestinaux par analyse moléculaire.
De 2016 à 2018, 875 cas de GEA (496 hospitalisés, 379 externes) et 374 contrôles ont été inclus. Le norovirus (NV) et le rotavirus (RV) étaient davantage mis en évidence chez des patients externes (respectivement 11,6 % et 2,9 %) et moins souvent chez les patients hospitalisés (3,4 % et 1,6 %). A noter que le NV a également été détecté dans le groupe contrôle (1,3 %). Le pic d'incidence du RV se situait en avril et celui du NV en décembre-janvier. Neuf décès ont été documentés parmi les patients hospitalisés, dont un associé au NV.

Le séquençage classique et les techniques épidémiologiques traditionnelles sont peu efficaces pour tracer la propagation de ces virus. Une autre équipe a utilisé la métagénomique (séquençage haut débit d'échantillons de très grande taille) pour élucider le mode de transmission lors d'une épidémie de NV survenue à l'hôpital pédiatrique de Seattle (2). La technique a permis de mettre en évidence la propagation concurrente de 3 clusters, dont l'un était génétiquement stable sur une période de 4 semaines. Ce qui suggére une transmission itérative à partir d'un objet ou d'une surface contaminée, plutôt qu'une transmission de personne à personne.