IAS 2019 — Un entretien avec le Dr Adam Burgener autour du rôle du microbiome dans la transmission et la pathogenèse du VIH

Univadis a pu discuter avec le Dr Burgener pour comprendre pourquoi le microbiome vaginal doit être pris en compte lors de l’évaluation de la sécurité d’emploi de la contraception hormonale ou d’autres produits pouvant avoir une influence sur la santé vaginale.

Cet entretien a été modifié pour plus de clarté et pour en réduire la longueur.

UNIVADIS : Si je vous demande de choisir trois points essentiels dans la compréhension de la dysbiose et de la translocation du microbiome, dont deux qui soient des facteurs importants dans la pathogenèse, lesquels choisiriez-vous ?

DR BURGENER : L’objet central de notre recherche est le microbiome vaginal et la manière dont il est lié à la transmission du VIH chez les femmes. Les trois points importants ou essentiels sont [les suivants] : (i) le microbiome est très important pour le système immunitaire de l’hôte et pour la résistance aux maladies infectieuses ; (ii) la dysbiose du microbiome nous rend plus sensibles aux maladies ; et (iii) le microbiome vaginal joue un rôle essentiel dans le risque de transmission du VIH chez les femmes.

L’hypothèse selon laquelle les contraceptifs hormonaux injectables étaient associés à un risque accru de VIH a été émise. L’essai ECHO montre des différences limitées entre les contraceptifs hormonaux injectables et le DIU en cuivre dans les groupes de comparaison. Le mécanisme hypothétique était que les contraceptifs modifiaient le microbiome, ce qui pourrait entraîner l’apparition de certaines bactéries inflammatoires et augmenter ainsi le risque.

Étant donné que le microbiome est à l’origine de l’état inflammatoire des voies génitales de la femme, nous nous sommes posé la question inverse : les femmes ayant un microbiome différent répondent-elles différemment aux contraceptifs ? Chaque personne est différente, et le microbiome intestinal détermine si certains médicaments fonctionnent sur vous et comment vous répondez au traitement, de sorte qu’il n’est pas si absurde d’imaginer que le microbiome vaginal peut influencer l’impact de la contraception hormonale sur l’immunité locale.

Nous avons donc étudié deux grandes catégories de femmes : des femmes présentant des bactéries lactobacilles dans le vagin et une faible inflammation, et des femmes sans bactéries lactobacilles dans le vagin qui présentent une inflammation élevée. Il s’agissait d’une sous-étude de l’essai CAPRISA 004.

Nous avons découvert que chez les femmes présentant des bactéries lactobacilles dans le vagin, il survient une modification importante de l’inflammation muqueuse, qui est associée au taux hormonal sérique du contraceptif injectable DMPA [dépôt d’acétate de médroxyprogestérone]. Cependant, cela n’a pas été observé, en tout cas avec les techniques que nous avons utilisées, chez les femmes sans bactéries lactobacilles dans le vagin qui présentaient une vaginose bactérienne. [Ces résultats suggèrent que] les femmes peuvent répondre différemment selon le profil de leur microbiome.

UNIVADIS : Mais comment expliquez-vous ces résultats ? Si les femmes dont les populations bactériennes dominantes sont des bactéries lactobacilles présentent moins d’inflammation que celles dont la communauté bactérienne dans le vagin est composée de lactobacilles non dominants, comment se fait-il qu’une inflammation plus importante soit ensuite observée chez les femmes qui présentent des bactéries lactobacilles ? La contraception hormonale change-t-elle quelque chose ? 

DR BURGENER : Il est possible que le DMPA provoque l’inflammation, que ce soit par le biais d’une altération de l’activité des bactéries lactobacilles ou d’une [altération] des voies d’inflammation de l’hôte au niveau de la muqueuse vaginale.

Nous avons étudié les modifications des voies fonctionnelles à l’intérieur des bactéries, mais il ne s’y passait vraiment pas grand-chose. Cependant, lorsque nous avons étudié les voies d’inflammation de l’hôte au niveau de la muqueuse vaginale, nous avons observé des modifications modérées du profil immunitaire de l’hôte. Il s’agissait principalement de voies qui, dans la littérature, ont été associées au taux de progestérone.

Nous pensons que le DMPA provoque une cascade inflammatoire chez l’hôte, et que celle-ci s’observe uniquement, ou s’observe mieux, chez les femmes dont le niveau d’inflammation de référence est faible au départ, c’est-à-dire les femmes dont le microbiome est dominé par les bactéries lactobacilles.

Cela dit, il est également possible que le DMPA modifie la fonction des bactéries d’une manière ou d’une autre. Cependant, nous n’avons pu identifier aucun changement au niveau de l’abondance des molécules ou de leurs fonctionnalités, du moins avec une analyse de l’ARN.

UNIVADIS : Il est probablement difficile de modifier le microbiome, mais peut-être serait-il plus facile d’identifier des molécules qui seraient associées à des fonctions que nous pourrions cibler directement ?   

DR BURGENER : Je pense qu’il est essentiel de bien comprendre la fonction [des bactéries] ainsi que son importance dans le cadre du traitement. Actuellement, [nous] cherchons à l’aveuglette quel type de stratégie probiotique pourrait permettre de promouvoir les souches dont les propriétés sont considérées comme bénéfiques pour la colonisation. Le problème, c’est que personne ne sait vraiment ce qui est important pour la durabilité des bactéries lactobacilles dans le vagin et pour la colonisation à long terme.

Nous étudions donc la fonction du microbiome afin d’identifier les caractéristiques et les comportements des microbes chez les femmes qui présentent une stabilité élevée, comparativement aux femmes qui présentent une variabilité élevée. [Nous voulons] voir quelles fonctions sont différentes, et éventuellement identifier les caractéristiques fonctionnelles qui nous permettent de dire : « ces fonctions sont très importantes pour la stabilité ». Ensuite, nous pourrons peut-être utiliser ces informations pour guider la sélection des souches bactériennes qui présentent certaines propriétés métaboliques ou une souche qui serait probiotique. [Nous pouvons] utiliser ce que nous étudions chez l’homme pour éclairer le développement de meilleures technologies pour les bactéries lactobacilles.

C’est l’objectif de l’étude que nous menons dans le cadre de l’essai. Ces recherches sont essentielles en dehors du champ d’application du VIH, car il est important de produire plus de recherche fondamentale pour élaborer une intervention qui fonctionne correctement.