Entérovirus : le nouveau variant d’échovirus-11 cause des infections néonatales sévères en France

Des défaillances d’organe rapides et sévères

Les neuf cas de sepsis néonatal ont été signalés dans quatre hôpitaux. Tous étaient des garçons et 8 étaient prématurés (nés entre 31+5 et 36+3 semaines d’aménorrhée). Les premiers symptômes, survenus entre le troisième et le cinquième jour de vie, étaient la fièvre et l’apnée, rapidement suivies par un choc septique nécessitant une réanimation (sauf pour 2 enfants). Tous ont souffert d’une défaillance hépatocellulaire aiguë, une coagulation intravasculaire disséminée et une hyperammoniémie. Ils avaient tous une thrombocytopénie et pour la plupart les facteurs de coagulation étaient indétectables. Certains ont également souffert de complications neurologiques, rénales ou intestinales.

Un taux de mortalité lié à l’entérovirus inédit

Pour 4 des 5 mères, des échantillons de sang prélevés en période péripartum étaient disponibles et étaient positifs à l’échovirus-11. Elles avaient présenté des symptômes gastro-intestinaux ou de la fièvre en pré- ou périnatal immédiat.

On sait que les infections à entérovirus peuvent être graves chez les nouveau-nés mais cette série de cas de sévérité inédite interpelle. Le taux de létalité serait lié à la combinaison des facteurs suivants : infection périnatale précoce, prématurité, gémellité et peut-être sexe masculin. La nature du variant échovirus-11 (E-11) est sans doute également en cause.

Caractérisation du variant 

Les chercheurs ont conduit des analyses phylogénétiques à partir d'échantillons prélevés en France entre 2010 et 2023 chez 104 patients issus des hôpitaux où ont eu lieu les cas graves, ainsi que sur des séquences complètes provenant d'autres pays et disponibles dans la base de données GenBank. Ils ont établi que les souches détectées en 2022 et 2023 appartiennent à deux lignées distinctes des souches précédentes : la première comprend des séquences associées aux cas de ces nouveau-nés et à d’autres infections non graves ; la seconde est apparentée à des souches isolées en Chine en 2018 et 2019. Les deux lignées étaient d’origine recombinante.

Surveillance des entérovirus

En France, il existe un système de surveillance volontaire des entérovirus au niveau hospitalier. Un bilan rétrospectif des cas montre qu’entre janvier 2022 et avril 2023, 2.026 cas d’infection ont été rapportés, dont 24,5% concernaient des nouveau-nés. Parmi eux, échovirus-11 était le plus fréquent (31,1%) ; il était aussi majoritaire au sein des autres groupes d'âge (15,3%).

Sur la période, 5,6% des infections néonatales sévères à entérovirus étaient associées à un échovirus, et échovirus-11 était associé à 14 des 26 cas d'infection sévère identifiés. Aussi, par rapport à 2016-2021, le nombre d'infections sévères et la mortalité liée a augmenté chez les nouveau-nés, principalement du fait de la fréquence des infections à échovirus-11. Ces données confirment que les nouveau-nés sont plus fréquemment touchés par les cas sévères lorsqu’ils sont de sexe masculin.