Dysbiose intestinale et maladie de Crohn : laquelle est à l’origine l’une de l’autre ?

Pourquoi est-ce important ?

L’origine de la MC reste à ce jour inconnue. Les hypothèses actuelles indiquent que le microbiote ou des facteurs environnementaux induiraient une inflammation des intestins chez des sujets génétiquement susceptibles. Cependant, les études cas-témoins n’ont pas permis jusqu’à présent de distinguer si la dysbiose intestinale était à l’origine d’une MC ou si elle résultait de l’inflammation et des traitements administrés. Les études pré-cliniques prospectives sur cohorte minimisent ces facteurs de confusion et constituent une approche puissante pour caractériser la contribution du microbiome à l’apparition de la MC. 

Méthodologie

Cette étude prospective s’appuie sur le projet GEM (Genetic Environmental Microbial), et a porté sur 3.483 sujets sains, parents au premier degré d’individus atteints de la MC. Le microbiote intestinal de ces sujets a été analysé dans une phase qui précédait l’apparition de la MC afin de déterminer si cette composition pouvait prédire le développement de la maladie.

Un modèle de machine learning a permis d’évaluer s’il existait une signature microbienne (basé sur le séquençage d’ARN 16S ribosomal) associée au développement d’une MC. Les performances du modèle ont été validées sur une cohorte indépendante.

Principaux résultats

Cette étude a évalué le microbiome des enfants, sains, liés au premier degré de 3.483 sujets atteints de MC. Ces individus ont été suivis durant une période médiane de 5,4 ans. L’âge médian au recrutement était de 17,0 ans [6-35]. Parmi eux, 73 ont développé une MC, dans les 3,1 ans post-inclusion. Ces 3.483 individus ont été randomisés entre une cohorte de découverte (n=2.321) et une cohorte de validation (n=1.162). Le score de risque microbiomique développé a été utilisé dans la cohorte de découverte, puis appliqué à la cohorte de validation. Le hazard ratio (HR) associé au score de risque microbiomique était de 2,24 [1,03-4,84], p=0,04) en utilisant la valeur médiane du score de risque microbiomique de la cohorte de découverte. Le score de risque microbiomique a démontré sa capacité temporelle à mettre en évidence les individus à risque de développer une MC jusqu’à 5 ans avant l’apparition des premiers symptômes de la maladie elle-même (aire sous la courbe >0,65).

Cinq taxons étaient tout particulièrement associés au score de risque microbiomique de développer une MC : Ruminocuccus torques, Blautia, Colidextribacter, Oscillospiraceae et Roseburia.

Principales limitations 

La performance prédictive du score de risque de MC calculée à partir de la signature du microbiome reste modeste dans la cohorte de validation.