COVID-19 : vers une extension d’indication des tests RT-PCR par prélèvement salivaire
- Serge Cannasse
- Actualités Médicales
En septembre 2020, la HAS (Haute Autorité de Santé) recommandait de restreindre l’usage des tests RT-PCR sur prélèvement salivaire aux seuls patients symptomatiques pour lesquels un prélèvement nasopharyngé était difficile, voire impossible. De nouvelles données l’ont amené à revoir sa position.
Non seulement elle a tenu compte d’une méta-analyse publiée mi-janvier, mais elle a mené la sienne propre, incluant 64 essais regroupant 18.931 patients. Cela lui a permis de formuler un « nouveau consensus » : dès lors qu’un test RT-PCR détecte la présence du SARS-CoV-2, qu’il ait été obtenu par prélèvement naso-pharyngé ou salivaire, on considère que la personne est infectée. Il n’y a donc plus besoin de confirmer un résultat positif obtenu par test salivaire par un prélèvement naso-pharyngé.
Conséquence : « En population symptomatique et asymptomatique, les tests RT-PCR sur prélèvement salivaire induisent une perte de sensibilité limitée (mais significative d’un point de vue statistique) de 2 à 11% par rapport aux RT-PCR nasopharyngés. Cette perte de sensibilité reste toutefois acceptable et conforme aux exigences de performance clinique établies par la HAS, y compris pour les patients asymptomatiques. De plus, ce différentiel est à mettre en balance avec l’acceptabilité du prélèvement salivaire, par rapport au nasopharyngé. »
Cela ne règle pas pour autant tous les problèmes posés par ces tests. Le principal est celui de leur hétérogénéité : « Les kits utilisés, les modalités de prétraitement de la salive ou encore les protocoles d’extraction peuvent avoir un impact majeur sur la performance des tests salivaires en RT-PCR. » Cependant, plusieurs études sont en cours, dont les résultats attendus prochainement devraient permettre d’y voir plus clair.
De plus la HAS souligne des difficultés pratiques : « l’analyse des échantillons salivaires requiert une étape supplémentaire (prétraitement des échantillons) et le calibrage des machines n’est pas le même que pour l’analyse d’un échantillon nasopharyngé. » Impossible de faire les deux en même temps. Aussi l’agence souligne l’importance de consulter les acteurs de terrain avant d’aller plus loin. Ça n’est donc que plus tard qu’elle formulera d’éventuelles nouvelles recommandations pour leur utilisation et leurs modalités de réalisation.
Quant au test salivaire RT-LAMP intégré (EasyCov), l’obligation de contrôler ses résultats positifs est levée : ils se sont révélés très bien corrélés avec ceux réalisés par RT-PCR sur prélèvement salivaire. En revanche, son indication ne change pas : patients symptomatiques pour lesquels le prélèvement nasopharyngé est difficile voire impossible.
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