COVID-19 : trois variants du SARS-CoV-2 à surveiller de près


  • Serge Cannasse
  • Actualités Médicales
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Le 14 décembre 2020, les autorités sanitaires du Royaume-Uni ont alerté l’OMS (Organisation mondiale de la santé) de l’apparition d’un nouveau variant du virus responsable de la pandémie de COVID-19, dénommé SARs-CoV-2 VOC 202012/01. Le virus a déjà muté de très nombreuses fois, comme tous les virus, mais ce qui inquiète chez ce variant est que parmi ses 23 mutations par rapport à la souche de référence, il en comporte 17 codant pour des protéines essentielles, dont certaines sont situées au niveau de la protéine Spike, clef pour l’entrée dans les cellules. La question est de savoir si ces mutations affectent la transmission du virus, sa capacité à se répliquer, voire son antigénicité.

Une mise au point de l’INSERM (Institut national de la santé et de la recherche médicale) apporte de précieux éléments de réponse. 

  • Les données cliniques actuelles confirment que le virus pourrait avoir une capacité accrue de transmission, entre 50 et 70% supérieure à la souche de référence. 

  • En revanche, sa virulence ne semble pas affectée. 

  • Pour l’heure, il est impossible de savoir s’il existe une immunité croisée entre ce variant et les souches précédentes, du fait du faible nombre de réinfections identifiées. 

  • Ces mutations ne modifieraient pas de façon majeure la capacité du virus à être reconnu par le système immunitaire, ce qui serait une bonne nouvelle pour les vaccins existants si elle était confirmée par les expérimentations de laboratoire.

  • Elles ne changent rien non plus à la capacité des tests RT-PCR à détecter la présence du virus, bien qu’une d’entre elles entraîne une « anomalie » pour certains d’entre eux (Thermofisher).

Un autre variant a été identifié en Afrique du Sud, le 18 décembre 2020, dénommé variant 501Y.V2, avec lui aussi des mutations au niveau de la protéine Spike. Les données actuelles indiquent qu’il est très rapidement devenu dominant dans ce pays, que sa capacité de transmission est probablement augmentée et qu’il est associé à une charge virale salivaire élevée. Rien n’indique que sa virulence serait augmentée.

Un troisième variant a été détecté au Japon chez 4 personnes de retour du Brésil. On dispose de très peu d’informations à son sujet (au 13 janvier 2020). Il comporterait plusieurs des mutations identifiées sur le variant sud-africain.

Les auteurs de la mise au point insistent sur l’importance des techniques de séquençage viral à haut débit et sur la base de données GISAID, plateforme de collecte et d’analyse du SARS-CoV-2 disponible pour tous les chercheurs du monde.