COVID-19 : sensibilité et spécificité des tests diagnostiques

  • Böger B & al.
  • Am J Infect Control
  • 10 juil. 2020

  • Par Agnès Lara
  • Résumé d’articles
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À retenir

  • Une revue de la littérature et méta-analyse brésilienne a fait le point sur la sensibilité et la spécificité diagnostiques des tests cliniques, RT-PCR et immunologiques.
  • Elle montre que la technique de PCR sur expectoration est la plus sensible, les prélèvements effectués sur l’appareil respiratoire étant globalement ceux qui avaient la meilleure sensibilité (vs urine, sang, selle). Des résultats qui viennent conforter les recommandations actuelles.
  • Le scanner thoracique est apparu comme la seconde méthode la plus sensible (mais moins spécifique car les mêmes tableaux peuvent être obtenus avec d’autres infections virales), ce qui conforte son intérêt pour confirmer le diagnostic PCR, de façon à limiter les faux-négatifs.

 

Pourquoi est-ce important ?

Chez les patients qui présentent des signes cliniques compatibles avec la COVID-19, les tests de RT-PCR, capables de détecter la présence de l’ARN du SARS-CoV2 et réalisés à partir de prélèvements rhinopharyngés ou bronchiques, constituent le « gold standard » pour confirmer le diagnostic en raison de leur facilité de mise en œuvre et de la rapidité de leurs résultats. Cette technique génère cependant parfois des faux négatifs, en particulier au cours des 7 premiers jours suivant l’infection. 

Les tests sérologiques, quant à eux, recherchent la présence d’anticorps (IgM ou IgG) dans le plasma des patients et sont plutôt utilisés a posteriori (les anticorps ne sont détectables que 1 à 3 semaines après la survenue des symptômes) pour évaluer la proportion de personnes ayant été infectées au sein d’une population. La sensibilité et la spécificité de ces différentes méthodes sont encore mal évaluées. Aussi, une équipe brésilienne a-t-elle entrepris une revue systématique de la littérature et une méta-analyse des publications s’étant intéressées à la question. 

Méthodologie

La revue a retenu toutes les publications ayant évalué la spécificité, la sensibilité, la probabilité de faux positifs ou de faux négatifs pour l’ensemble des tests diagnostiques disponibles. Puis une méta-analyse a été réalisée pour déterminer la sensibilité, la spécificité, ainsi que les rapports de vraisemblance positif et négatif. 

Résultats

  • Au total, 16 études ont été retenues par la revue de la littérature, représentant 2297 patients, la plupart faisant appel à des cohortes observationnelles chinoises, et 6 seulement disposaient d’un groupe contrôle. Quatorze études ont pu être prises en compte dans la méta-analyse.
  • Celle-ci a ainsi montré que le scanner thoracique avait la plus forte sensibilité (91,9%), mais une faible spécificité (25,1%) (6 essais, forte hétérogénéité).
  • Les tests immunologiques ont été évalués par 5 essais sur différents types d’échantillons (prélèvement de sang total, sang capillaire, sérum, ou plasma). Dans tous les cas, la recherche combinée d’anticorps IgM et IgG est apparue comme la plus sensible et spécifique, atteignant respectivement 84,5% et 91,6%.
  • Les tests PCR ont quant à eux été évalués par 7 études (deux seulement disposaient d’un groupe contrôle). La sensibilité variait selon le type de prélèvement. Ceux réalisés à partir de salive, d’expectorations, nasopharyngés ou prélevés dans la gorge étaient les plus sensibles pour détecter la présence du virus (vs selles, urine ou plasma), avec une sensibilité allant respectivement de 62,3% pour la salive à 97,2% pour les expectorations. La spécificité calculée à partir des deux études contrôlées était élevée, allant de 90,0% à 100% selon le type de prélèvement.

Limites

  • Hétérogénéité des études en termes de taille, de risque de biais et de validité externe.
  • Majorité d’études de qualité méthodologique faible ou moyenne.