COVID-19 : Places respectives des tests virologiques et sérologiques


  • Serge Cannasse
  • Actualités Médicales
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Deux types de tests sont actuellement utilisés pour faire le diagnostic d’infection à SARS-CoV-2 : détection d’ARN viral par RT-PCR ou détection d’immunoglobulines spécifiques IgG et IgM par méthode ELISA. Dans un travail publié dans le JAMA ( Journal of the American Medical Association ), trois chercheurs font le point sur ce qu’il est utile de savoir pour les praticiens.

Détection d’ARN viral par RT-PCR

Les tests disponibles ont une spécificité proche de 100%, avec une sensibilité comparable pour la grande majorité d’entr eux, mais dépendant de la date et du lieu de prélèvement. Dans une étude ayant porté sur 205 patients, cette sensibilité était de 93% pour les échantillons obtenus par lavage broncho-alvéolaire, de 72% dans les crachats, de 63% dans les prélèvements nasaux et de 32 % dans les prélèvements pharyngés.

Dans les prélèvements naso-pharyngés, les plus souvent pratiqués, l’ARN viral est détectable dès le premier jour des symptômes et atteint son maximum pendant la première semaine après leur apparition. Il commence à diminuer à la troisième semaine et devient progressivement indétectable (vers les semaines 4-5). Il persiste un peu plus longtemps à des niveaux un peu plus élevés dans les crachats et les prélèvements par lavage broncho-alvéolaire. La quantité d’ARN viral est plus importante chez les cas sévères, où il peut être détecté après la troisième semaine, que chez les cas modérés.

Précision importante : les tests décèlent la présence d’ARN viral, mais pas obligatoirement celle d’un virus actif.

Détection d’immunoglobulines spécifiques

Les niveaux d’IgG et IgM sériques s’élèvent rapidement à partir de la deuxième semaine après l’apparition des symptômes et atteignent leur maximum à la deuxième ou troisième semaine.

Les IgM diminuent ensuite jusqu’à des niveaux détectables vers la cinquième semaine et disparaissent vers la septième semaine, alors que les IgG diminuent moins rapidement et persistent au-delà de la septième semaine. Globalement, les taux de positivité aux IgM sont plus élevés que ceux aux IgG pendant les 5,5 premiers jours après l’apparition des symptômes. C’est l’inverse ensuite : les taux d’IgG sont supérieurs à ceux d’IgM.

La spécificité des tests ELISA pour les IgG et les IgM s’élève à plus de 95%. Leur sensibilité est plus élevée pour les tests ciblant les anticorps à la protéine NC (nucléocapsidique) du virus que pour sa protéine S (spike), celle-ci étant moins abondante.

Des titres élevés d’IgG sont corrélés positivement avec la détection d’anticorps neutralisants. Mais la persistance de ceux-ci est inconnue, ainsi que la durée de protection qu’ils conféreraient.

L’ensemble de ces résultats a été obtenu chez des adultes immunocompétents et symptomatiques. Leur validité est donc moins assurée chez les enfants et les adultes n’ayant pas eu de signes cliniques de COVID-19.

Une mise au point du CNR (Centre national de référence des virus des infections respiratoires)

Le CNR a récemment (9 mai) publié un communiqué qui pointe quelques désaccords avec les auteurs de l'étude : " des données précoces du CNR ont montré que les prélèvements de gorge, les prélèvements nasaux et les prélèvements salivaires avaient tous, à des degrés différents, une sensibilité de détection inférieure à celle des prélèvements naso-pharyngés et entraînaient parfois un fort risque de taux négatif. (...) La performance diagnostique de la RT-PCR, analysée lors d'une méta-analyse récente, est supérieure à 90%, avec une spécificité de 100%. (...) Les prélèvements salivaires standard ne répondent pas aux critères d'exigence requis par les biologistes et les cliniciens." Le CNR insiste sur la qualité des prélèvements liée à la technique et au matériel utilisés.