COVID-19. Les connaissances sur le variant Omicron avancent moins vite que le virus

Le premier est le nombre élevé de mutations, insertions ou délétions situées sur la protéine Spike : 32. L’une d’elles (N501Y) est associée à l’augmentation de la transmissibilité des variants alpha, bêta et gamma. D’autres mutations pourraient avoir un impact sur l’efficacité de la réponse immunitaire, y compris celle des vaccins. De très nombreuses mutations n’ont jamais été observées précédemment.

Le second est sa propagation rapide. Son apparition en Afrique du Sud est concomitante d’une augmentation des hospitalisations. Mais il est actuellement impossible de lui attribuer cette hausse, qui peut être due à un faible taux de vaccination de la population et à la difficulté de respecter les gestes barrières dans les groupes sociaux défavorisés.

À la date du 2 décembre 2021, 330 cas ont été confirmés dans la base internationale GISAID, dont 172 en Afrique du Sud. Il est présent sur tous les continents, notamment en Europe. À la date du 4 décembre 2021, 12 cas avaient été détectés en France. Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) estime qu’Omicron « pourrait causer plus de la moitié des infections provoquées par le virus SARS-CoV-2 dans l’Union européenne d’ici les tout prochains mois. » Santé publique France précise que « globalement, la majorité des cas confirmés d’infection par Omicron hors Afrique correspondent à des retours de voyage d’Afrique du Sud ou d’autres pays d’Afrique (Egypte, Malawi, Mozambique, Namibie, Nigéria, Zimbabwe). »

Il semble provoquer des symptômes très similaires à ceux des autres variants. Pour l’instant, il n’a été associé à aucun décès. Cependant, il est encore trop tôt pour juger de sa dangerosité. Quelques semaines sont encore nécessaires pour en avoir une idée plus précise.

En attendant, il est soumis à une surveillance étroite. En France, celle-ci suit la stratégie habituelle de détection des variants :

• Criblage systématique des tests positifs : Omicron est suspecté quand les trois mutations recherchées par le criblage ne sont pas détectées.

• Séquençage complet du génome viral. Il est effectué sur un criblage suspect de test PCR, chez tout patient de retour d’Afrique et ayant un test PCR positif et chez toute personne ayant eu un contact rapproché avec lui.

• Renforcement de la surveillance épidémiologique à la recherche de signaux d’alerte.

Les laboratoires Pfizer étudient actuellement l’impact du variant sur son vaccin. Les résultats sont attendus pour la mi-décembre. Moderna travaille actuellement à l’adaptation de son vaccin à Omicron.