COVID-19 : les co-infections virales et bactériennes sont-elles fréquentes ?

Quelques études ont rapporté des données concernant la nature ou la fréquence des co-infections virales ou bactériennes chez les patients COVID-19, mais la plupart ne différenciaient pas les patients selon leur niveau de gravité, ou n’avaient pas distingué les infections nosocomiales de celles d’origine communautaire. Aussi, une analyse rétrospective a été menée à partir des données relatives aux patients adultes reçus dans l’unité de soins intensifs COVID-19 de l’hôpital d’Argenteuil avec un diagnostic confirmé par PCR, entre le 13 mars et le 16 avril 2020.

Au total, 92 patients ont été inclus, avec des tests microbiologiques dans les 48 premières heures suivant l’admission, parmi lesquels respectivement 10 et 12 n’ont pas bénéficié d’autres PCR à partir de prélèvements du tractus respiratoire et 12 n’ont pas bénéficié d’une analyse microbiologique sanguine.

Au total, 26 patients (28%) présentaient une co-infection bactérienne principalement par S. aureus sensible à la méthicilline (n=10), puis par H. influenzae (n=7), S. pneumoniae (n=6) ou Enterobacteriaceae (n=5). Ces chiffres étaient de 18 patients, soit 29%, lorsque l’analyse était limitée aux 62 patients ayant été hospitalisés moins de 48 heures avant l'admission en soins intensifs, afin de réduire le risque de comptabiliser les infections nosocomiales. La répartition entre les différentes espèces bactériennes était sensiblement comparable. Par ailleurs, aucune bactérie atypique n’a été identifiée, suggérant qu’une antibiothérapie probabiliste fondée sur une céphalosporine de troisième génération pourrait être proposée dès l’admission de ces patients graves, avec évaluation microbiologique et arrêt rapide si absence de résultats positifs. Par ailleurs, aucune co-infection virale n’a été rapportée, y compris la grippe.

Ces données présentent quelques limitations, comme la nature monocentrique de l’étude ou encore le fait que 42% des patients avaient initié une antibiothérapie avant l’arrivée en unité COVID-19. Ses résultats permettent néanmoins de connaître la nature des co-infections potentielles. Ils devront être confirmés par de nouveaux travaux multicentriques et réunissant un plus large effectif.