COVID-19 : le prélèvement salivaire, alternative efficace à l’écouvillonnage nasopharyngé

Les prélèvements nasopharyngés constituent la technique de prélèvement de référence pour dépister l’infection COVID-19 par RT-PCR. Ils nécessitent un personnel formé, ce qui limite le déploiement des programmes de dépistage, et rend les alternatives, comme les prélèvements de salive, intéressantes. Jusqu’à présent, les études qui ont évalué la performance des tests salivaires ont donné des conclusions contradictoires. Cependant, leur méthodologie présente des limitations parce que la plupart a comparé leur résultat à celui obtenu après prélèvement nasopharyngé, considéré à tort comme un test parfait. Dans cette nouvelle analyse, les méthodes statistiques utilisées ont été adaptées afin de prendre en considération le fait que tous deux ont une performance inférieure à 100%.

Méthodologie

Les chercheurs ont utilisé un modèle bayésien bivarié à classe latente pour analyser les données des études recensées après revue systématique de la littérature parue avant septembre 2020. Les études devaient avoir comparé les résultats des deux tests. Les données de 15 études (n =5.922) ont été compilées parmi lesquelles 14 étaient conduites chez des sujets non hospitalisés, et 9 chez des sujets pauci- ou asymptomatiques.

Principaux résultats

Parmi les 5.922 patients testés, 941 avaient un résultat positif après l’un et/ou l’autre des deux tests, les autres ayant un résultat négatif dans les deux cas.

L’analyse RT-PCR suite à un prélèvement salivaire conduit à un test dont la sensibilité est de 83,2% [77,4-91,4] et la spécificité de 99,2% [98,2-99,8]. tandis que ceux réalisés à partir d’un prélèvement nasopharyngé ont une sensibilité et une spécificité de 84,8% [76,8-92,4] et 98,9% [97,4-99,8] respectivement. À titre de comparaison, un modèle bivarié traditionnel (supposant les résultats du test nasopharyngé optimaux) conduisait à une sensibilité similaire mais une spécificité légèrement moindre (86% et 97% respectivement).

Les conclusions de l’analyse étaient comparables lorsque les études parues sur MerRxiv étaient exclues (n=6) ou lorsque l’analyse était limitée aux études menées auprès de sujets ambulatoires.