COVID-19 : Impact des variants sur la pratique des tests diagnostiques et épidémiologiques


  • Serge Cannasse
  • Actualités Médicales
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Les variants du SARS-CoV-2 ont-ils un impact sur les performances des tests de diagnostic et dépistage ? L’Académie de médecine a publié deux communiqués faisant le point sur le sujet.

Les tests disponibles

  • Les tests RT-PCR sur prélèvement naso-pharyngé restent les tests de référence. Réalisés sur prélèvement salivaire, leurs performances sont comparables. De nouveaux kits de RT-PCR de criblage et de PCR multiplex sont en cours de développement pour détecter les nouveaux variants.

  • La RT-LAMP, test d’amplification isothermique sans extraction d’ARN, a des performances inférieures à celles de la RT-PCR. Elle n’est recommandée que chez les sujets symptomatiques, mais aucune donnée n’a été publiée sur sa capacité à détecter les variants.

  • Les tests antigéniques (TRODs – tests rapides d’orientation diagnostique) sont moins sensibles que les RT-PCR, mais plus rapides (résultats en une demi-heure). L’évaluation de leurs performances pour la détection des variants est en cours.

  • Les tests sérologiques doivent avoir recours à la technique ELISA. Adaptés, ils pourrraient détecter les anticorps dirigés contre des épitopes mutés.

  • Les autotests sont à proscrire, leurs performances étant très inégales.

Quels tests pour quels usages ?

  • Tests à visée diagnostique : ils s’adressent d’abord aux patients ayant des symptômes évocateurs de Covid-19, aux personnes vivant sous le même toit ainsi qu’à leurs contacts récents, ainsi qu’en cas de doute sur le résultat d’une autre technique. Le prélèvement nasopharyngé suivi d’une RT-PCR est la méthode de référence, mais le prélèvement salivaire est une alternative « très utile ».

  • Tests à visée épidémiologique : destinés à suivre la circulation du SARS-CoV-2, ils doivent être utilisés avec une périodicité rapprochée dans des échantillons représentatifs de populations territoriales (région, département, communes ou quartiers), de groupes d’activité (hôpitaux, entreprises, écoles) ou de collectivités (EHPAD, prisons, etc). Ayant l’avantage de la simplicité, le prélèvement salivaire suivi d’une RT-PCR de criblage peut être réalisé en première intention. La RT-LAMP est cependant plus rapide (environ une heure versus 24 heures minimum). La version LAMP-seq est de plus moins onéreuse, mais elle n’est pas encore validée.

Bien réaliser les prélèvements

De manière très didactique, l’Académie rappelle comment réaliser correctement les différents prélèvements.

  • Prélèvements naso-pharyngés. Ils nécessitent une bonne connaissance de l’anatomie nasale. L’écouvillon doit longer le plancher nasal d’avant en arrière, en suivant le cornet nasal inférieur, jusqu’au nasopharynx. Le trajet peut être perturbé de différentes manières : déviation du septum (fréquente), hypertrophie du cornet nasal inférieur (environ 10% de la population), polypes (repérés à l’interrogatoire du patient par une perte ancienne de l’odorat), intervention chirurgicale nasale ou sinusienne (à rechercher au préalable).

Le patient doit avoir la tête droite, le menton parallèle au sol. La tête ne doit jamais être en extension. Le geste doit être doux, sans brutalité ni à l’introduction, ni au retrait de l’écouvillon. il ne faut jamais tenter de forcer le passage, sous peine d’occasionner une blessure. Il s’agit d’un frottis : inutile de « récurer ».

  • Prélèvements salivaires. L’échantillon est recueilli soit par crachat dans un récipient stérile, soit par pipetage sublingual. Le patient ne doit avoir ni mangé, ni bu, ni fumé depuis une demi-heure. Une étape d’homogénéisation et de fluidification de l’échantillon est nécessaire, allongeant la phase pré-analytique. C’est une des raisons pour la faible utilisation de ce type de prélèvement en France, la deuxième étant que la HAS (Haute Autorité de santé) estime qu’il induit une sensibilité des tests moindre que celle des prélèvements nasopharyngés (d’autres méta-analyses que celles de la HAS la jugent équivalente).

L’Académie conclut par l’urgence d’homologuer « des méthodes de dépistage ayant des performances analytiques acceptables et présentant le double avantage d’un prélèvement facile et d’un résultat rapide. »