COVID-19 et infections respiratoires saisonnières : le mélange des genres


  • Serge Cannasse
  • Actualités Médicales
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Très vraisemblablement, la période hivernale va faire coexister les infections à SARS-CoV-2 avec les pathologies virales saisonnières habituelles. Sollicité par la DGS (Direction générale de la santé), le HCSP (Haut Conseil de la santé publique) a fait le point sur l’intérêt des méthodes diagnostiques disponibles.

Le diagnostic de certitude des infections respiratoires n’est pas clinique

Il ne faut guère compter sur la clinique, peu spécifique dans ces maladies, d’autant que des co-infections sont possibles.

  • L’anosmie et l’agueusie évoquent fortement le COVID-19, mais ne sont pas pathognomoniques. Cependant dans cette pathologie, troubles de l’odorat et du goût ne sont pas le plus souvent associés à une obstruction nasale ou une rhinorrhée et peuvent se produire avant ou pendant les autres symptômes ORL au lieu de survenir après comme dans la plupart des infections respiratoires.

  • Chez le nourrisson de moins de 6 mois, en période épidémique de virus respiratoire syncitial (VRS) (décembre-janvier), une bronchiolite aiguë typique peu sévère n’a que de faibles chances d’être liée au SARS-CoV-2. Celui-ci ne sera pas recherché en première intention. En revanche, il le sera sans délai devant une forme de bronchiolite ou gastro-entérite atypique et/ou sévère, survenant sur un terrain à risque et apparue après un contage avéré ou suspecté.

  • Chez l’enfant, le COVID-19 peut se manifester par des diarrhées aiguës. Cependant, leur cause principale reste le rotavirus, avec comme moyen diagnostique privilégié les tests antigéniques rapides (résultat en 15 minutes). Chez les grands enfants et les adultes, les gastro-entérites aiguës sont surtout dues aux calicivirus, essentiellement pendant les périodes de fête (consommation de crustacés). Leur diagnostic est clinique.

Une symptomatologie fébrile et/ou respiratoire et/ou digestive doit faire exclure l’enfant transitoirement de la collectivité, avec recherche d’un diagnostic de certitude « dans la mesure du possible, quel que soit l’âge. »

  • Pour la grippe et l’infection à VRS, ce diagnostic repose essentiellement sur les tests moléculaires avec amplification des acides nucléiques : RT-PCR ou technique de type LAMP, celle-ci permettant un résultat en 2 à 4 heures, voire moins d’une heure pour les tests les plus récents.

  • Pour le  SARS-CoV-2, le test de référence est la RT-PCR avec prélèvement nasopharyngé. Il doit être effectué devant tout signe évocateur de COVID-19 ou en cas de contact avec une personne infectée.

Tests multiplex : une voie d’avenir

Le HCSP consacre un long développement aux tests multiplex, qui utilisent un assemblage de sondes moléculaires ciblant un nombre plus ou moins élevé d’agents infectieux, avec un résultat obtenu entre une heure et une demi-journée. Certains intègrent le SARS-CoV-2. Cependant leur utilisation se heurte à plusieurs obstacles :

  • Leur bénéfice médico-économique n’est pas encore certain.

  • La plupart ne sont pas inscrits à la nomenclature, à l’exception des tests antigéniques pour la grippe (peu sensibles), le VRS et les virus des gastro-entérites.

  • Ils sont très divers, certains combinant seulement deux tests, pour les virus grippaux et le VRS, avec éventuellement le SARS-CoV-2, d’autres y ajoutant Chlamydia pneumoniae et Mycoplasma pneumoniae et certains virus respiratoires.

L’utilisation de ces tests est actuellement surtout justifiée chez les personnes à risque de forme grave et en période de co-circulation virale, en particulier chez les personnes âgées vivant en collectivité et chez les enfants ayant une symptomatologie sévère. S’ils ne comportent pas un test SARS-CoV-2, il faudra le faire réaliser en sus. Et ne pas oublier qu’une co-infection SARS-CoV-2 / autre virus est toujours possible …

Les autres recommandations du HCSP reprennent pour l’essentiel celles que lui ou la HAS (Haute Autorité de santé) avaient formulées auparavant.