COVID-19 : comment lutter contre les variants ?

  • Fanny Le Brun
  • Actualités Médicales
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Un virus de faible variabilité, vraiment ?

Jusqu’à décembre dernier, le SARS-CoV-2 était considéré comme un virus de faible variabilité. La seule mutation qui avait retenu l’attention des virologues était la D614G apparue à la fin du mois de janvier 2020. Elle était notable car elle a donné naissance à un variant plus infectieux et plus transmissible, qui a remplacé en six mois, dans le monde entier, la souche initiale identifiée à Wuhan.

Depuis le mois de décembre 2020, les choses se sont accélérées avec l’émergence de plusieurs variants dont trois qui attirent particulièrement l’attention de la communauté scientifique : le variant 501Y.V1 dit "britannique", le variant 501Y.V2 dit "sud-africain" et le variant 501Y.V3 dit "brésilien". Ces variants sont porteurs de plusieurs mutations concernant essentiellement la protéine "S" (spike), ce qui leur confère un meilleur potentiel de transmission. C’est pourquoi, ils sont en train de supplanter la souche de SARS-CoV-2 qui circulait depuis 10 mois.

En France, le variant britannique est suspecté dans 66% des cas et les variants sud-africain et brésilien dans plus de 5% des cas, voire plus de 45% en Moselle. Cette évolution est très hétérogène sur le territoire national. On constate généralement une corrélation entre un taux d’incidence élevé et une haute prévalence de variants, excepté dans certains départements.

L’efficacité de la vaccination menacée ?

L’émergence de ces variants dans le monde entier constitue un nouveau défi dans la lutte contre la pandémie et représente plusieurs menaces :

  • Une plus forte contagiosité,
  • Une virulence potentiellement augmentée chez certains variants,
  • Un risque d’échappement, au moins partiel, à la réponse immunitaire induite par la vaccination, notamment pour les variants sud-africain et brésilien, porteurs de la même mutation E484K.

La surveillance épidémiologique au plan moléculaire est devenue indispensable pour détecter la présence de nouveaux virus plus pathogènes ou échappant à l’immunité vaccinale, grâce à :

  • La RT-PCR ciblée qui détecte les variants d’intérêt porteurs de mutations connues,
  • Le séquençage (du génome complet ou du gène codant la protéine S) qui permet d’identifier les variants connus ou non.

On peut noter que la sélection de ces variants semble facilitée en cas de traitement par sérum de convalescent, chez les patients immunodéprimés pour lesquels l’infection est plus prolongée et les charges virales plus élevées.

Quelles sont les recommandations de l’Académie de médecine ?

Face à la progression préoccupante des variants du SARS-CoV-2 qui pourrait compromettre l’efficacité de la campagne de vaccination, l’Académie nationale de médecine recommande :

  • D’accroître aussi vite que possible la couverture vaccinale contre le COVID-19 ;
  • D’intensifier l’application des mesures barrière qui restent efficaces contre ces variants ;
  • De renforcer les capacités de séquençage à haut débit pour maintenir une surveillance permanente sur des échantillons représentatifs d’origine humaine et environnementale (eaux usées) ;
  • De développer des techniques de phylodynamique moléculaire appliquées au SARS-CoV-2 en croisant les analyses génomiques avec les données épidémiologiques internationales ;
  • De mettre en commun l’ensemble des données collectées par les formations publiques et privées en les considérant comme biens publics à partager par toutes les structures de recherche impliquées dans la lutte contre la pandémie ;
  • De stimuler l’effort de recherche et de développement autour de l’interaction variants-vaccins, en particulier dans le cadre du programme européen de l’incubateur HERA.

La phylodynamique repose sur le fait que la manière dont les virus se propagent laisse des “traces” dans leur génome. Concrètement, la phylodynamique permet de dater l'apparition d'un virus, de trouver son origine géographique, de comprendre comment il s'est transmis de l'animal à l'Homme, puis de l'Homme à l'Homme, et comment il s'est diffusé sur la planète. La phylodynamique permet également de récupérer des données sur la durée de contagiosité, la vitesse de circulation du virus ou encore de déterminer le temps de doublement de l'épidémie.