COVID-19 : comment les co-infections bactériennes ou fongiques grèvent-elles le pronostic ?

Les infections bactériennes ou fongiques peuvent compliquer certaines infections virales, comme la grippe. Dans le contexte de la nouvelle pandémie liée au COVID-19, il semble indispensable de déterminer leur prévalence et leur conséquence, notamment en situation hivernale, à risque. Des chercheurs britanniques ont donc initié une étude de cohorte rétrospective nationale, sur la base des données de surveillance des laboratoires afin de rechercher une vingtaine des pathogènes les plus représentatifs pouvant survenir chez les patients COVID-19.

Méthodologie

L’étude rétrospective a utilisé les informations de la base de données du laboratoire du Public Health England (PHE). Chez les personnes ayant un diagnostic de COVID-19, l’infection concomitante ou secondaire par 24 bactéries ou champignons a été recherchée dans les échantillons de sang et les voies respiratoires inférieures entre janvier et fin juillet 2020. La survenue de ces infections et la mortalité associée ont été évaluées.

Principaux résultats

Parmi les 223.413 personnes ayant une infection confirmée par le SARS-CoV-2, 1,0% ont eu une autre infection (un tiers de co-infections concomitante, deux tiers d’infection secondaire ). Pour deux tiers des cas, il s’agissait d’infections sanguines. La grande majorité des co-infections étaient sanguines.

Les cas de COVID-19 avec co-infection ou infection secondaire concernaient plus souvent des sujets âgés (4-6% avaient moins de 40 ans, contre 26% parmi ceux sans co-infection) et plus souvent des hommes (60-65% vs 42% parmi ceux sans co-infection).

Au total 3.448 microorganismes ont été mis en culture à partir des échantillons respiratoires et sanguins des 2.279 cas COVID-19 concernés. Les bactériémies les plus fréquentes étaient Escherichia coli (E. coli), Staphylococcus aureus (S. aureus), Klebsiella pneumoniae (K. pneumoniae), Enterococcus faecium et les streptocoques non pyogènes. Les infections respiratoires les plus fréquentes étaient Pseudomonas aeruginosa et Haemophilus influenzae. E. coli, S. aureus et K. pneumoniae étaient les plus fréquentes des infections, qu’elles soient concomitantes ou secondaires.

Par ailleurs, des infections polymicrobiennes (bactériennes et fongiques) concernaient 18% des cas (n=404), la majorité étant des infections secondaires à Streptococcus pneumoniae, streptocoques non pyogènes et pyogènes.

Le taux de mortalité associé était de 7,6% parmi ceux sans autre infection, contre 23,0% et 26,6% parmi les cas de co-infections ou d’infections secondaires respectivement.