COVID-19 : Alternatives à la RT-PCR individuelle par prélèvement naso-pharyngé


  • Serge Cannasse
  • Actualités Médicales
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La RT-PCR individuelle par prélèvement naso-pharyngé ou nasal profond est la technique diagnostique la mieux standardisée et avec la meilleure sensibilité diagnostique, à condition cependant que le prélèvement soit réalisé dans de bonnes conditions par un professionnel bien formé. Cependant en France, elle fait l’objet d’une demande importante en nombre, mettant à l’épreuve la capacité des laboratoires à y répondre. La Direction générale de la santé a sollicité le Haut Conseil de la santé publique (HCSP) pour examiner les méthodes alternatives à la RT-PCR individuelle, dont le poolage des échantillons.

Poolage des échantillons : avis négatif maintenu

Ainsi que l’indique le HCSP, « le terme « poolage » correspond au regroupement de plusieurs échantillons au sein d’une même analyse biologique afin de réduire le nombre de tests réalisés » (échantillons de 4 ou 8 prélèvements). Certains experts l’ont récemment recommandé. Il a déjà fait l’objet d’un avis négatif du HCSP, en date du 10 mai. Mais depuis, quelques études ont montré son intérêt potentiel. Après les avoir examinées, le HCSP maintient sa réticence à l’utilisation de cette technique : elle pose de sérieux problèmes d’organisation (gestion des cas individuels positifs, rendu des résultats) et elle présente un risque de sous-estimation de l’incidence du SARS-CoV-2 par défaut de sa sensibilité diagnostique.

Cependant, le HCSP n’exclut pas un recours ultérieur à cette technique en cas de progrès technologiques et informatiques permettant l’analyse fiable de résultats en très grand nombre. 

Plusieurs autres alternatives ont été proposées à la RT-PCR par prélèvement naso-pharyngé, portant soit sur la nature du prélèvement, soit sur la RT-PCR elle-même.

Autres types de prélèvements 

  • Le prélèvement sur salive est potentiellement intéressant chez un sujet en infection active, pendant les deux semaines suivant l’apparition des symptômes. Mais il nécessite des études complémentaires. A noter que la HAS (Haute Autorité de santé) vient d’émettre un avis favorable à leur recours et leur remboursement chez les personnes symptomatiques.

  • Le prélèvement sur crachats n’est pas suffisamment standardisé.

  • Le prélèvement sur crachats induits par aérosol de chlorure de sodium hypertonique est une alternative possible au prélèvement naso-pharyngé, mais ses conditions de réalisation sont beaucoup trop contraignantes.

  • Le prélèvement oro-pharyngé postérieur peut être réalisé soit par un tiers, mais n’est alors guère plus pratique qu’un prélèvement naso-pharyngé, soit par le sujet lui-même (auto-prélèvement), ce qui mériterait une évaluation rigoureuse, la sensibilité apparaissant un peu moindre.

  • Le prélèvement des voies respiratoires basses a un intérêt certain en cas de pneumonie chez les patients hospitalisés.

Alternatives à la RT-PCR en deux temps

La méthode standard de RT-PCR commence par une étape d’extraction de l’ARN, suivie d’une étape d’amplification génique. Certains tests commerciaux sont basés sur cette méthode mais en réalisant les deux étapes dans le même appareil, ce qui permet la délivrance du résultat en 2-3 heures au lieu de 4. D’autres, plus récents et en cours de commercialisation, utilisent une méthode d’amplification dénommée LAMP ( loop-mediated isothermal amplification ). Ils ont une sensibilité un peu moindre, mais ne nécessitent pas de personnel spécialisé. Ces deux types de tests se heurtent d’une part à un coût élevé, d’autre part à une forte demande internationale en limitant la disponibilité. Ils pourraient être réservés aux situations d’urgence ou à certains contextes particuliers (aéroports, par exemple).

Les TDR (tests de diagnostic rapide) ne sont actuellement pas recommandés du fait de leur sensibilité insuffisante. (voir sur Univadis - COVID-19 : TDR, TROD et autotests : les recommandations de la HAS)

En conclusion, « le HCSP recommande la mise en place d’une réflexion multidisciplinaire entre virologues, cliniciens et épidémiologistes afin de définir quelle serait la perte de sensibilité analytique acceptable au regard des modalités de prélèvements (auto-prélèvements notamment) et/ou des techniques permettant de répondre aux exigences de santé publique en termes de volume de dépistage et de raccourcissement des délais de rendu des résultats. »