Le microbiote vaginal jouerait un rôle protecteur contre certaines infections urinaires ou sexuellement transmissibles (IST) ; un déséquilibre local à l’inverse, favoriserait le développement de ces dernières. Des études transversales ont montré que le microbiote vaginal de femmes infectées par Chlamydia trachomatis (C. trachomatis) était pauvre en Lactobacillus. Ce genre bactérien pourrait produire localement un taux d’acide lactique défavorable à une colonisation par des bactéries pathogènes. La question reste de savoir si le déséquilibre du microbiote est une cause ou une conséquence de l’infection par C. trachomatis. Pour le savoir, une équipe néerlandaise a conduit une étude longitudinale prospective.
Méthodologie
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L’étude a été menée à partir d’une campagne annuelle de dépistage de C. trachomatis en population, conduite entre mars 2008 et février 2012 auprès des hommes et femmes néerlandais de 16-29 ans sexuellement actifs. Les auteurs se sont focalisés sur les femmes de cette enquête qui résidaient dans la région d’Amsterdam. Elles avaient reçu un questionnaire sur leurs caractéristiques socio-démographiques, leur historique médicale et leur vie sexuelle. Elles avaient également reçu un kit leur permettant de réaliser des prélèvements au niveau vaginal lors de la première sollicitation.
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Une analyse des données des questionnaires et un séquençage du gène de l’ARNr 16s des espèces identifiées ont été conduites. L’étude cas-témoins emboîtée a permis de comparer le microbiote des femmes ayant été contaminées par C. trachomatis entre deux dépistages à celui de femmes contrôles appariées non infectées. La régression logistique a utilisé plusieurs variables explicatives : éducation, origine, ethnique, âge médian du premier rapport sexuel, nombre de partenaires dans les 6 derniers mois et types de relations sexuelles.
Résultats
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Au total, les auteurs ont recensé 3.503 femmes non infectées parmi celles ayant participé au moins à deux campagnes de dépistage et ayant rempli les questionnaires, contre 61 femmes infectées par C. trachomatis. La composition du microbiote de ces dernières a été comparée à celles de 55 femmes issues du premier groupe, appariées sur l’âge (23 ans d’âge médian) et l’origine ethnique (73% d’origine caucasienne).
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Au total, les auteurs ont identifié cinq complexes clonaux principaux, dont quatre étaient dominés par une espèce spécifique : le plus fréquent était celui lié à la prédominance de L. crispatus (37%), puis celui lié à celle de L. iners (33%).
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Un microbiote riche en L. iners était associé à un risque accru d’infection à C. trachomatis (odds ratio ou OR : 2,58). Les variables explicatives prédéfinies pour l’analyse ne sont pas apparues comme potentiellement déterminantes sur le risque d’infection.
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Être dans une relation, mais ne pas vivre avec le partenaire apparaissait aussi comme un facteur de risque indépendant d’infection par C. trachomatis.
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L’analyse discriminante linéaire a permis d’établir que le fait de ne pas être infectée par C. trachomatis était fortement associé à un microbiote riche en L. crispatus, alors qu’être infectée était fortement associé à un microbiote riche en L. iners.
Limites
L’analyse du microbiote avait été conduite à l’inclusion, un an avant l’infection à Chamydia ; cependant, la flore vaginale est considérée comme plutôt stable au cours du temps chez les femmes en bonne santé.
À retenir
Un microbiote riche en L. iners semble favoriser l’infection à Chlamydia. Ce résultat conforte l’hypothèse que le microbiote vaginal crée un environnement plus ou moins favorable à certaines infections sexuellement transmissibles. Le fait de ne pas vivre avec son partenaire habituel est aussi apparu comme un facteur de risque, ce qui peut peut-être s’expliquer par des relations occasionnelles avec d’autres partenaires. Cette étude mériterait d’être répliquée auprès d’un plus grand effectif afin de confirmer ces premières données.
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