ASCO-SITC 2020 — Cancer du sein ER+/HER2- : un modèle assisté par apprentissage automatique identifie les gènes pronostiques


  • Pavankumar Kamat
  • Univadis
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À retenir

  • Un modèle mathématique assisté par apprentissage automatique a identifié dans le microenvironnement tumoral (MET) des gènes fortement associés au pronostic chez des patientes atteintes d’un cancer du sein de stade III à récepteur des œstrogènes positif (Estrogen Receptor-Positive, ER+) et à récepteur 2 du facteur de croissance épidermique humain négatif (Human Epidermal Growth Factor Receptor 2-Negative, HER2-).

Pourquoi est-ce important ?

  • Le stroma du MET est connu pour avoir un impact sur le pronostic et la réponse thérapeutique. Cependant, seul un faible nombre de modèles mathématiques pronostiques s’appuient sur l’expression de l’acide ribonucléique messager (ARNm) dans le MET.

Protocole de l’étude

  • À partir de 50 cycles d’apprentissage automatique, le modèle a classé 98 patientes atteintes d’un cancer du sein ER+/HER-, issues du programme de l’Atlas du génome du cancer (Cancer Genome Atlas), dans des groupes à risque élevé et à faible risque, selon l’expression de l’ARNm de 26 groupes de gènes.
  • Les groupes de gènes comprenaient 191 gènes enrichis en éléments cellulaires et non cellulaires du MET.
  • Financement : aucun financement n’a été communiqué.

Principaux résultats

  • 15 gènes, à savoir CD8A, CD8B, FCRL3, GZMK, CD3E, CCL5, TP53, ICAM3, CD247, IFNG, IFNGR1, ICAM4, SHH, HLA-DOB et CXCR3, étaient associés à un pronostic favorable.
  • Cinq gènes, à savoir LOXL2, PHEX, ACTA2, MEGF9 et TNFSF4, étaient associés à un pronostic défavorable.
  • Une différence significative a été identifiée au niveau de la survie entre les groupes à risque élevé et à faible risque (rapport de risque [RR] : 2,878 ; P = 0,05).
  • Le groupe à risque élevé présentait une expression plus élevée des gènes associés à une réaction desmoplastique, des neutrophiles et des cytokines immunosuppressives, tandis que le groupe à faible risque présentait une expression plus élevée des gènes associés à l’activation du système immunitaire (P 

Limites

  • Les autres types de cancer du sein n’ont pas été évalués.